LXL04_033557 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033557

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 47595566-47597869 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1420 bp · LXL04_033557|LXL04_033557|OH1004|cDNA

ATGGCCAGCTCCAACTCACCTTCTTCCTCTCACGAACCAACAGATCCACTCGCCGCCCAACCGCCTACCTCTACGGCGGCTTCTCGCCGGGTACCTCTTCCCTGCTGGTCTCACGACGAGACTGTGGCGCTGATCGATGCGTATCGTGGTAAGTGGTACTCTCTCCAGCGAGGCAACCTCCGTGCCCCCCACTGGCAGGAAGTCGCCGATGGTGTCGCCGCTCAGTGCCCTTTAAGCAACCCACCGAAAACCTCGATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1281 bp · LXL04_033557|LXL04_033557|OH1004|CDS

ATGGCCAGCTCCAACTCACCTTCTTCCTCTCACGAACCAACAGATCCACTCGCCGCCCAACCGCCTACCTCTACGGCGGCTTCTCGCCGGGTACCTCTTCCCTGCTGGTCTCACGACGAGACTGTGGCGCTGATCGATGCGTATCGTGGTAAGTGGTACTCTCTCCAGCGAGGCAACCTCCGTGCCCCCCACTGGCAGGAAGTCGCCGATGGTGTCGCCGCTCAGTGCCCTTTAAGCAACCCACCGAAAACCTCGATTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

426 aa · LXL04_033557|LXL04_033557|OH1004|PROTEIN

MASSNSPSSSHEPTDPLAAQPPTSTAASRRVPLPCWSHDETVALIDAYRGKWYSLQRGNLRAPHWQEVADGVAAQCPLSNPPKTSIQCRHKMEKLRKRYRAEIQRIGNTPRGHRYPSSWVHFKQMDAMELGISSSDPSADPTNYEDDDEVDGGDEDNEEELFLYPKGIKQAIALPPNRRYQGSSGNAVAAGNGNRNGNGVRIKFPNTAAVPPPPPYKPNTSYDDYLPPMNPHYRSGKRSRDGFMKDAFGSGKSRTHHGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033557`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033557

位置 Chr07:47595566-47597869 (-)

描述 Similar to ASIL2: Trihelix transcription factor ASIL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14180`	转录调控因子，可能在早期胚胎发生期间抑制成熟程序。	MicroRNAs regulate the timing of embryo maturation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.171355
`At1g54060`	能结合特定DNA序列的转录抑制因子，如AT2S3启动子中的GT-box样基序5'-CGTGATT-3'。	Repression of seed maturation genes by a trihelix transcriptional repressor in Arabidopsis seedlings.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.061309 MicroRNAs regulate the timing of embryo maturation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.171355 ASIL1 is required for proper timing of seed filling in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.12.18709
`At3g11100`	转录调节因子。	Interaction of Arabidopsis Trihelix-Domain Transcription Factors VFP3 and VFP5 with Agrobacterium Virulence Protein VirF.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0142128
`At5g05550`	可能的转录调节因子（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g17060`	蛋白 FIP2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033557 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54060

ath:AT3G11100

ath:AT3G14180

ath:AT4G17060

ath:AT5G05550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · LXL04_033557 · OH-1004

细胞质0.063

排名 2 · LXL04_033557 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_033557 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_033557 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_033557 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13837.13Myb_DNA-bind_435-128 aa

PF10545.16MADF_DNA_bdg58-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033557	`PF13837.13`	Myb_DNA-bind_4	35	128	7.9e-17	62.2
LXL04_033557	`PF10545.16`	MADF_DNA_bdg	58	127	4e-09	37.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJG8`	拟南芥	Trihelix transcription factor ASIL2	39.048%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SYG2`	拟南芥	Trihelix transcription factor ASIL1	22.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VZI9`	拟南芥	Trihelix transcription factor ENAP1	36.364%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFG0`	拟南芥	Trihelix transcription factor ENAP2	28.829%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O23550`	拟南芥	Protein FIP2	42.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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