LXL04_033271 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033271

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 40005740-40017149 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5931 bp · LXL04_033271|LXL04_033271|OH1004|cDNA

GATCATGAATTTCAATGACATTACAATGATATCCGACTTAAATCCAAATATGGAGGATTATACACTCAAGGTTAGAATTATCCGTATTTGGAAATTCACTTCATGGGTAAATCCAAACGATGTTCGTGGTTTTGGGATGGTATTAATTGATGAGAAGGGTGATAGGATTGAATGTAATGTTGATAGACCTCATAACATAAAATGGGACAAAGTTCTTGACGAATATGGAGCTTTTTATATTCACAACCCAACACTTGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

5907 bp · LXL04_033271|LXL04_033271|OH1004|CDS

ATGAATTTCAATGACATTACAATGATATCCGACTTAAATCCAAATATGGAGGATTATACACTCAAGGTTAGAATTATCCGTATTTGGAAATTCACTTCATGGGTAAATCCAAACGATGTTCGTGGTTTTGGGATGGTATTAATTGATGAGAAGGGTGATAGGATTGAATGTAATGTTGATAGACCTCATAACATAAAATGGGACAAAGTTCTTGACGAATATGGAGCTTTTTATATTCACAACCCAACACTTGGTGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1968 aa · LXL04_033271|LXL04_033271|OH1004|PROTEIN

MNFNDITMISDLNPNMEDYTLKVRIIRIWKFTSWVNPNDVRGFGMVLIDEKGDRIECNVDRPHNIKWDKVLDEYGAFYIHNPTLGVNQASTKYADGRNKLFFIYNTTVDKCKSFDGPINSFKFVDFQTILDNGVQTDLTIDLIGDVVQVYELETHAGPNKNTLKQTLVMEDLRGLKVFVTLWGDYASEVVNYISTHADISCLIMIIQFGRLKFFGGRVYVNNTMAATKLFINKDIEEIREFKKELLSIKGYDTASSTRTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033271`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033271

位置 Chr07:40005740-40017149 (+)

描述 Similar to Pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0776800`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物的组成部分。	Two types of replication protein A in seed plants.2005 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04719.x Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142877

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033271 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

cal:CAALFM_CR07360WA

dosa:Os02g0776800

hsa:80119

mmu:208084

rno:367645

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937

排名 1 · LXL04_033271 · OH-1004

细胞质0.137

排名 2 · LXL04_033271 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_033271 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_033271 · OH-1004

细胞外0.008

排名 5 · LXL04_033271 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02721.22DUF22310-131 aa

PF14214.12Helitron_like_N976-1156 aa

PF23343.3REP_ORF2-G2P1082-1170 aa

PF05970.21PIF11617-1685 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom1791-1835 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033271	`PF02721.22`	DUF223	10	131	7e-13	49.5
LXL04_033271	`PF14214.12`	Helitron_like_N	976	1156	2.6e-58	198.1
LXL04_033271	`PF23343.3`	REP_ORF2-G2P	1082	1170	6.4e-06	27.1
LXL04_033271	`PF05970.21`	PIF1	1617	1685	3.2e-26	93.0
LXL04_033271	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	1791	1835	1.9e-17	63.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6YZ49`	水稻	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A	24.433%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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