基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_032021
当前版本: OH-1004
染色体: Chr07
坐标: 15091576-15098208
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2838 bp · LXL04_032021|LXL04_032021|OH1004|cDNA
ATGGCGTCTAGATCGTCTGGTTTTTCAGGCATACAACTCGAGATCGAGTTGATGGACGCAGGGAAGAGGCTATTACTTCTGCCATCTTCATTTTCAGATGTTCTCGACGTTCTTGCACATATGGAGCGAACTCTATCCAAAGTGCAACAAGTGCCATCCGAATCAATGAAGTATGCCCTGCATCCAATAATCGATGCACTAATAGCCAAAGAACTGGTAACACATCCGGATACGAATGTAAACATCTTAGTTTCATGTTG...
CDS
下载 CDS FASTA2838 bp · LXL04_032021|LXL04_032021|OH1004|CDS
ATGGCGTCTAGATCGTCTGGTTTTTCAGGCATACAACTCGAGATCGAGTTGATGGACGCAGGGAAGAGGCTATTACTTCTGCCATCTTCATTTTCAGATGTTCTCGACGTTCTTGCACATATGGAGCGAACTCTATCCAAAGTGCAACAAGTGCCATCCGAATCAATGAAGTATGCCCTGCATCCAATAATCGATGCACTAATAGCCAAAGAACTGGTAACACATCCGGATACGAATGTAAACATCTTAGTTTCATGTTG...
945 aa · LXL04_032021|LXL04_032021|OH1004|PROTEIN
MASRSSGFSGIQLEIELMDAGKRLLLLPSSFSDVLDVLAHMERTLSKVQQVPSESMKYALHPIIDALIAKELVTHPDTNVNILVSCCISEILRIMAPNSPYNNQQMKDFFELATMTFEKLSSSSSGCYAKMTKVLQIFTTVRLPVIMLDLQLDKLVVRLFKQFLTVADFNYSEVIVEMEKIMTMIIEESEQPKIELVGLLVMSVRNYNQINSPVSWQLGEKVLKKCASKLKHQLPDFVQKMGIHLLDYSKVVSDICIGMP...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_032021 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_032021 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:15091576-15098208 (+) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to SDF2: Stromal cell-derived factor 2-like protein | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程 GO:0009556 microsporogenesis 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0035825 homologous recombination 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G80810 ath:AT2G25110 ath:AT4G31880 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.445
细胞质0.329
细胞膜0.158
内质网0.099
质体0.069
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF20168.5PDS534-260 aaPF21743.4PTM_DIR17_Tudor336-380 aaPF05278.18PEARLI-4379-559 aaPF02815.26MIR783-929 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_032021 | PF20168.5 | PDS5 | 34 | 260 | 8e-39 | 133.9 |
| LXL04_032021 | PF21743.4 | PTM_DIR17_Tudor | 336 | 380 | 4.5e-07 | 30.3 |
| LXL04_032021 | PF05278.18 | PEARLI-4 | 379 | 559 | 3.7e-15 | 56.9 |
| LXL04_032021 | PF02815.26 | MIR | 783 | 929 | 3.2e-17 | 63.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q93ZE8 | 拟南芥 | Stromal cell-derived factor 2-like protein | 76.056% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q8GUP3 | 拟南芥 | Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog C | 40.239% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
A8MRD9 | 拟南芥 | Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog D | 40.239% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9S9P0 | 拟南芥 | Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog E | 39.419% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |