LXL04_030087 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030087

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 107223995-107234400 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1632 bp · LXL04_030087|LXL04_030087|OH1004|cDNA

ATGGATTTTCCTGTGTTGCAACCACTGTTCAAGAACTCCTCGCTGGAGAAGATGACCAAAACTTTATCGGAAATATGGCCGGCCCACTCCCCCAACTCCTCCATTTTGCTAAATCCTCATTTTCTCTCTTCAATTCCAGACTCTTCTTTCCATCTCTTTCACATACATTTCTTCACTTTGGTTTCCGATCGGACTTTTCCATCAACCTTAGCCGGATTTTTTCTACCGCCGGTGGCTGATCTCATCTGTTACTTACCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · LXL04_030087|LXL04_030087|OH1004|CDS

ATGGATTTTCCTGTGTTGCAACCACTGTTCAAGAACTCCTCGCTGGAGAAGATGACCAAAACTTTATCGGAAATATGGCCGGCCCACTCCCCCAACTCCTCCATTTTGCTAAATCCTCATTTTCTCTCTTCAATTCCAGACTCTTCTTTCCATCTCTTTCACATACATTTCTTCACTTTGGTTTCCGATCGGACTTTTCCATCAACCTTAGCCGGATTTTTTCTACCGCCGGTGGCTGATCTCATCTGTTACTTACCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

543 aa · LXL04_030087|LXL04_030087|OH1004|PROTEIN

MDFPVLQPLFKNSSLEKMTKTLSEIWPAHSPNSSILLNPHFLSSIPDSSFHLFHIHFFTLVSDRTFPSTLAGFFLPPVADLICYLPDNMAQFQNQELEYIIDDEYYDMTDFADSPFRDNNNNSQTSCAEDSMDSDFEDDFDQSKPKTDTSAEEARNGKDIQGIPWERLNFTRDKYRETRLKQYKNYENLPHSREHLEKECKKVDKNQILYDFQFNTRLVKPTVVHFQLRNLLWATSKHDLYLMQNYSVMHWSSLLKRGKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030087`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030087`
位置	Chr06:107223995-107234400 (+)
描述	Similar to SPBC2A9.03: Uncharacterized WD repeat-containing protein C2A9.03 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030087` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程 GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程 GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0051123 RNA polymerase II preinitiation complex assembly 生物过程 GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ana:alr2800 mmu:226182 spo:2540276 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.555

排名 1 · LXL04_030087 · OH-1004

细胞核0.498

排名 2 · LXL04_030087 · OH-1004

线粒体0.055

排名 3 · LXL04_030087 · OH-1004

溶酶体／液泡0.051

排名 4 · LXL04_030087 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 5 · LXL04_030087 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814.2WD40_Prp19290-484 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3331-513 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5344-520 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd344-475 aa

PF25391.2WD40_Gbeta344-479 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st344-445 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2345-488 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st373-521 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030087	`PF24814.2`	WD40_Prp19	290	484	3.1e-19	69.8
LXL04_030087	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	331	513	1.6e-23	83.8
LXL04_030087	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	344	520	1.4e-19	71.2
LXL04_030087	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	344	475	2.2e-10	41.0
LXL04_030087	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	344	479	1.1e-08	35.2
LXL04_030087	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	344	445	2.2e-07	31.1
LXL04_030087	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	345	488	1.5e-13	51.4
LXL04_030087	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	373	521	1.6e-15	57.9
LXL04_030087	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	374	521	6.3e-12	46.3
LXL04_030087	`PF24796.2`	WDR55	377	487	4.1e-09	36.6
LXL04_030087	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	378	489	1.6e-12	48.0
LXL04_030087	`PF26550.2`	Tricorn_2nd	378	478	6.8e-06	25.7
LXL04_030087	`PF24805.2`	EIF3I	400	473	6.6e-09	36.1
LXL04_030087	`PF00400.39`	WD40	403	441	8.9e-14	52.0
LXL04_030087	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	412	484	2e-06	28.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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