基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_030016
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 105804002-105809653
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3300 bp · LXL04_030016|LXL04_030016|OH1004|cDNA
ATGGATACCAAAGGACGGCTTGTTGCGGGTTCACACAATCGGAATGAATTTGTTCTAATCAATGCGGATGAAGTTGGAAGAGTGACTTCTGTTAAAGAATTGAGTGGACAGATTTGTCAGATTTGTGGAGATGAGATTGAAATAACAGTCGATGGAGAGCCATTTGTTGCTTGCAATGAATGTGCTTTCCCGATTTGTAGACCTTGCTATGAATATGAACGAAGGGAGGGAAATCAATCTTGTCCTCAATGCAAAACTAG...
CDS
下载 CDS FASTA3300 bp · LXL04_030016|LXL04_030016|OH1004|CDS
ATGGATACCAAAGGACGGCTTGTTGCGGGTTCACACAATCGGAATGAATTTGTTCTAATCAATGCGGATGAAGTTGGAAGAGTGACTTCTGTTAAAGAATTGAGTGGACAGATTTGTCAGATTTGTGGAGATGAGATTGAAATAACAGTCGATGGAGAGCCATTTGTTGCTTGCAATGAATGTGCTTTCCCGATTTGTAGACCTTGCTATGAATATGAACGAAGGGAGGGAAATCAATCTTGTCCTCAATGCAAAACTAG...
1099 aa · LXL04_030016|LXL04_030016|OH1004|PROTEIN
MDTKGRLVAGSHNRNEFVLINADEVGRVTSVKELSGQICQICGDEIEITVDGEPFVACNECAFPICRPCYEYERREGNQSCPQCKTRYKRIKGSPRVDGDEDEEGFDDLDNEFDLANYSGRDPHNVADMAFSSRLNIGRGNSNASGFATPSEVDGATLNPEIPLLTFGQEDDGISADKHALIIPPFMNRTKRVHPMPFSDTASQVSMPPRPMDPKKDLAVYGYGTVAWKDRMEEWRKRQNDKLQMVKHEGGGGGHNDGDV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_030016 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_030016 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:105804002-105809653 (+) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to CESA6: Cellulose synthase A catalytic subunit 6 [UDP-forming] | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程 GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程 GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程 GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程 GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程 GO:0010214 seed coat development 生物过程 GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程 GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程 GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G21770 ath:AT4G39350 ath:AT5G09870 ath:AT5G64740 dosa:Os07g0424400 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.568
内质网0.189
高尔基体0.155
细胞质0.141
溶酶体／液泡0.102
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14569.13zf-UDP30-104 aaPF03552.21Cellulose_synt369-1086 aaPF13632.13Glyco_trans_2_3789-894 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_030016 | PF14569.13 | zf-UDP | 30 | 104 | 2.7e-41 | 140.2 |
| LXL04_030016 | PF03552.21 | Cellulose_synt | 369 | 1086 | 1345.0 | |
| LXL04_030016 | PF13632.13 | Glyco_trans_2_3 | 789 | 894 | 1.9e-06 | 28.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q94JQ6 | 拟南芥 | Cellulose synthase A catalytic subunit 6 [UDP-forming] | 77.475% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9SJ22 | 拟南芥 | Probable cellulose synthase A catalytic subunit 9 [UDP-forming] | 76.519% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q8L778 | 拟南芥 | Cellulose synthase A catalytic subunit 5 [UDP-forming] | 77.748% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
O48947 | 拟南芥 | Cellulose synthase A catalytic subunit 2 [UDP-forming] | 78.391% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q69V23 | 水稻 | Probable cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] | 71.403% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |