LXL04_028932 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028932

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 74974860-74976423 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1245 bp · LXL04_028932|LXL04_028932|OH1004|cDNA

ATGGATGTAGATCATAGTAAACAAGCTGTTGGTGGGATTGCTGCCCCAAAAAAGAGATCAGTCACTGGTGGCTCTCAAAATGGAACTCCTCAATTCTGCAACCGAATCGGTTGCTGTGGAAGACTTAACCACACTAAATTTACTAAAAACAAATGCATAGACAAACCTAAAGCTACAAAGCCTTCTGGAAGTTCATCAAAGACTTGTTCTTCAATTAATAATGTGAAAAAATCTCTTCCAAATTTAGAGAAAAAGATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · LXL04_028932|LXL04_028932|OH1004|CDS

ATGGATGTAGATCATAGTAAACAAGCTGTTGGTGGGATTGCTGCCCCAAAAAAGAGATCAGTCACTGGTGGCTCTCAAAATGGAACTCCTCAATTCTGCAACCGAATCGGTTGCTGTGGAAGACTTAACCACACTAAATTTACTAAAAACAAATGCATAGACAAACCTAAAGCTACAAAGCCTTCTGGAAGTTCATCAAAGACTTGTTCTTCAATTAATAATGTGAAAAAATCTCTTCCAAATTTAGAGAAAAAGATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · LXL04_028932|LXL04_028932|OH1004|PROTEIN

MDVDHSKQAVGGIAAPKKRSVTGGSQNGTPQFCNRIGCCGRLNHTKFTKNKCIDKPKATKPSGSSSKTCSSINNVKKSLPNLEKKISSKTERIPKESSVLPNESGPQQRKLKSRNAEVPSSSSRIKKTSASSSVMENKSQTESNNGRRRRFFQGESSSSGKGKRVIVMSANEGGPTVSTSRISVSDPKNSRNWTCGRANGVSSIRTRRSLKMDSPKGSIDLSSFQSDDVITDTSQADTLSSSEETSVTSTDHQVVRFVNH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028932`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028932

位置 Chr06:74974860-74976423 (+)

描述 Similar to HIP1: Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34040`	E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。	Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
`At2g15530`	E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。	Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
`At5g42940`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0648800`	可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。	暂无已核实直接文献
`Os01g0667700`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028932 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15530

ath:AT4G34040

ath:AT5G42940

dosa:Os01g0667700

dosa:Os04g0648800

osa:4326322

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.664

排名 1 · LXL04_028932 · OH-1004

细胞质0.359

排名 2 · LXL04_028932 · OH-1004

细胞膜0.081

排名 3 · LXL04_028932 · OH-1004

内质网0.040

排名 4 · LXL04_028932 · OH-1004

线粒体0.028

排名 5 · LXL04_028932 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2363-405 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2363-404 aa

PF17123.12zf-RING_11364-391 aa

PF00097.32zf-C3HC4364-404 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028932	`PF13639.13`	zf-RING_2	363	405	2.2e-12	47.8
LXL04_028932	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	363	404	4.6e-08	33.4
LXL04_028932	`PF17123.12`	zf-RING_11	364	391	4.6e-07	30.1
LXL04_028932	`PF00097.32`	zf-C3HC4	364	404	2.1e-06	28.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49500`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MBR2	45.324%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZQF9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MBR1	42.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMM4`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A	41.892%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XTV7`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP1	47.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5QLR5`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP1	48.673%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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