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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_028378
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 39417869-39420516 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1830 bp · LXL04_028378|LXL04_028378|OH1004|cDNA

ATGGAGTGGGATAGTAGCAATTCTGATCTGAGCGGAGACGAGGAAGGGTTTTTATTGAATGATGGAGGTCCGCTGCCTTTCCCCGTCGACAGCCTGCTTCAACCGGCGCCGTGTGGGTTCGTTGTTACTGATGCGTTGGAGCCTGACAATCCCATTATATACGTGAATTCGGTTTTCGAGATCATAACTGGGTATCGCGCTGAAGAAGTCCTCGGTCGTAATTGTCGATTCTTACAATGCAGAGGTCCATATGCAAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1830 bp · LXL04_028378|LXL04_028378|OH1004|CDS

ATGGAGTGGGATAGTAGCAATTCTGATCTGAGCGGAGACGAGGAAGGGTTTTTATTGAATGATGGAGGTCCGCTGCCTTTCCCCGTCGACAGCCTGCTTCAACCGGCGCCGTGTGGGTTCGTTGTTACTGATGCGTTGGAGCCTGACAATCCCATTATATACGTGAATTCGGTTTTCGAGATCATAACTGGGTATCGCGCTGAAGAAGTCCTCGGTCGTAATTGTCGATTCTTACAATGCAGAGGTCCATATGCAAAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

609 aa · LXL04_028378|LXL04_028378|OH1004|PROTEIN

MEWDSSNSDLSGDEEGFLLNDGGPLPFPVDSLLQPAPCGFVVTDALEPDNPIIYVNSVFEIITGYRAEEVLGRNCRFLQCRGPYAKRRHPLVDSTIVSEIRKCLEDGIEFKGELLNFSKDGTPLMNRLRMTPIYGDDEVITHIIGIQFFTEVNLDLGPLQGSTITKHPLKPSSRSSLFSCRLTPDQTRGSTRGLCGILQLSDEVISLKILSRLTPRDIASVGSVCRRFYEVAKNEDLWRMVCRSAWGSETARVLETVTGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_028378
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_028378
位置Chr06:39417869-39420516 (-)
描述Similar to ADO1: Adagio protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g57360 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。
LKP1 (LOV kelch protein 1): a factor involved in the regulation of flowering time in arabidopsis.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00850.x
An Arabidopsis circadian clock component interacts with both CRY1 and phyB.2001 · DOI: 10.1038/35068589
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering under non-inductive conditions, dependent on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04618.x
At2g18915 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。
A role for LKP2 in the circadian clock of Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010332
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering under non-inductive conditions, dependent on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04618.x
At1g68050 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。
FKF1, a clock-controlled gene that regulates the transition to flowering in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)80842-9
Functional conservation of light, oxygen, or voltage domains in light sensing.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1031791100
FKF1 is essential for photoperiodic-specific light signalling in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1038/nature02090
FKF1 F-box protein mediates cyclic degradation of a repressor of CONSTANS in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1126/science.1110586
FKF1 and GIGANTEA complex formation is required for day-length measurement in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1126/science.1146994
Arabidopsis DOF transcription factors act redundantly to reduce CONSTANS expression and are essential for a photoperiodic flowering response.2009 · DOI: 10.1016/j.devcel.2009.06.015
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering under non-inductive conditions, dependent on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX1.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04618.x
FKF1 conveys timing information for CONSTANS stabilization in photoperiodic flowering.2012 · DOI: 10.1126/science.1219644

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0694000 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。 暂无已核实直接文献
Os02g0150800 E3 泛素连接酶复合物的组成部分，在蓝光依赖性昼夜节律周期中发挥核心作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0043153 entrainment of circadian clock by photoperiod 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18915
ath:AT5G57360
dosa:Os06g0694000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.483
排名 1 · LXL04_028378 · OH-1004
细胞核0.350
排名 2 · LXL04_028378 · OH-1004
细胞膜0.116
排名 3 · LXL04_028378 · OH-1004
线粒体0.103
排名 4 · LXL04_028378 · OH-1004
内质网0.067
排名 5 · LXL04_028378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00989.32PAS30-146 aa
PF13426.14PAS_938-147 aa
PF08447.19PAS_352-146 aa
PF00646.39F-box198-239 aa
PF12937.13F-box-like205-243 aa
PF13854.13Kelch_HCF257-415 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7274-468 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1274-416 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_028378PF00989.32PAS301462.2e-0834.8
LXL04_028378PF13426.14PAS_9381479.7e-1555.4
LXL04_028378PF08447.19PAS_3521463.1e-0628.1
LXL04_028378PF00646.39F-box1982392e-0628.2
LXL04_028378PF12937.13F-box-like2052431.1e-1145.1
LXL04_028378PF13854.13Kelch_HCF2574151.7e-2280.9
LXL04_028378PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC72744685.7e-73245.6
LXL04_028378PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR12744162.3e-2486.9
LXL04_028378PF13415.13Beta-prop_FBX422754336.8e-48163.7
LXL04_028378PF13418.13Beta-prop_TYW42924911.9e-1454.9
LXL04_028378PF01344.32Kelch_12933278e-1864.3
LXL04_028378PF13854.13Kelch_HCF3315891.7e-2280.9
LXL04_028378PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC73935025.7e-73245.6
LXL04_028378PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR14254982.3e-2486.9
LXL04_028378PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC74326065.7e-73245.6
LXL04_028378PF13415.13Beta-prop_FBX424346066.8e-48163.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94BT6拟南芥Adagio protein 181.240%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8W420拟南芥Adagio protein 273.366%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C9W9拟南芥Adagio protein 365.866%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q5Z8K3水稻Adagio-like protein 176.768%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q67UX0水稻Putative adagio-like protein 275.610%Swiss-Prot强数据库同源证据

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