LXL04_026787 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026787

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 2878838-2883465 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1704 bp · LXL04_026787|LXL04_026787|OH1004|cDNA

ATGGCAGCGGCCGCCGATCTCAAACGCCCTCTGATTCTACCGTCTGTAAGGGACCCCAGCGCCCTCACGCATACCTTCACCGATGACAACTCTCCGTCGCAAGTCGCCATAACCATCAACGATCAAGCGGGCTATTTCCAACCTGCAAAGCAATATTCGAGTCGTTTCGCGACCCAATCGAATGCTGATAATGATTCAACGAGAACAGATGAGAACCCTTATGCGATTATCGGGTCTGATGGATTTGAAGCGTCTGGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · LXL04_026787|LXL04_026787|OH1004|CDS

ATGGCAGCGGCCGCCGATCTCAAACGCCCTCTGATTCTACCGTCTGTAAGGGACCCCAGCGCCCTCACGCATACCTTCACCGATGACAACTCTCCGTCGCAAGTCGCCATAACCATCAACGATCAAGCGGGCTATTTCCAACCTGCAAAGCAATATTCGAGTCGTTTCGCGACCCAATCGAATGCTGATAATGATTCAACGAGAACAGATGAGAACCCTTATGCGATTATCGGGTCTGATGGATTTGAAGCGTCTGGGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · LXL04_026787|LXL04_026787|OH1004|PROTEIN

MAAAADLKRPLILPSVRDPSALTHTFTDDNSPSQVAITINDQAGYFQPAKQYSSRFATQSNADNDSTRTDENPYAIIGSDGFEASGSSTVDPFKNQTAKIEGVYEWMKMVICIPIALVRLVLFGLCIIIGYIATKFALQGWKDNQNAMPRWRCRVMWITRLCARGILFSFGYHWIIRKGKPAKREAAPIIVANHVSYIDPIYFFYECSPTIVAAESHDSMPFVGTIIRAMQVIYVNRFSYQSRKHAVHEIKRKASGNNFP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026787`
TK1151 ID	TkA07G007440
OH-1004 ID	LXL04_026787
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.607 / OH-1004 44.268 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026787

位置 Chr06:2878838-2883465 (+)

描述 Similar to LPEAT2: Lysophospholipid acyltransferase LPEAT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45670`	具有酰基辅酶A依赖性溶血磷脂酰基转移酶活性，以溶血磷脂子集为底物。	Characterization of two Arabidopsis thaliana acyltransferases with preference for lysophosphatidylethanolamine.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-60 Acyl-CoA:Lysophosphatidylethanolamine Acyltransferase Activity Regulates Growth of Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00391

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026787 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006644 phospholipid metabolic process 生物过程

GO:0006663 platelet activating factor biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0030258 lipid modification 生物过程

GO:0036151 phosphatidylcholine acyl-chain remodeling 生物过程

GO:0061024 membrane organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45670

dme:Dmel_CG32699

dre:555969

hsa:54947

mmu:270084

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.332

排名 1 · LXL04_026787 · OH-1004

高尔基体0.230

排名 2 · LXL04_026787 · OH-1004

细胞膜0.183

排名 3 · LXL04_026787 · OH-1004

细胞质0.164

排名 4 · LXL04_026787 · OH-1004

溶酶体／液泡0.125

排名 5 · LXL04_026787 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01553.27Acyltransferase183-296 aa

PF13499.13EF-hand_7479-536 aa

PF13833.13EF-hand_8509-541 aa

PF13405.13EF-hand_6513-539 aa

PF00036.39EF-hand_1513-540 aa

PF13202.13EF-hand_5515-537 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026787	`PF01553.27`	Acyltransferase	183	296	5e-19	69.1
LXL04_026787	`PF13499.13`	EF-hand_7	479	536	7.1e-12	46.2
LXL04_026787	`PF13833.13`	EF-hand_8	509	541	1.2e-11	44.9
LXL04_026787	`PF13405.13`	EF-hand_6	513	539	3.3e-14	51.9
LXL04_026787	`PF00036.39`	EF-hand_1	513	540	1.4e-13	50.0
LXL04_026787	`PF13202.13`	EF-hand_5	515	537	8e-07	29.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S8S2`	拟南芥	Lysophospholipid acyltransferase LPEAT2	63.522%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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