LXL04_026444 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026444

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126398821-126401152 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1570 bp · LXL04_026444|LXL04_026444|OH1004|cDNA

ATGGCTGCAATGGAAAACTTGAGGCAAAAATTAGCTATGGCTGTCAAAAGCATTCAATGGAGCTATGCCATCTTCTGGTCCATTTCTACAACAGAACCAGGGGTATTAACATGGTGTGATGGGTACTACAATGGAGACATTAAAACACGGAAAACAGTACAAGCAGAAGAAATGAAGGAGGATGACGATGAAGTGGGTTTTCAAAGAACAGAGCAATTAAGACAGCTTTACGAATTGCTTTCAGCCGCCGGTGAACCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1524 bp · LXL04_026444|LXL04_026444|OH1004|CDS

ATGGCTGCAATGGAAAACTTGAGGCAAAAATTAGCTATGGCTGTCAAAAGCATTCAATGGAGCTATGCCATCTTCTGGTCCATTTCTACAACAGAACCAGGGGTATTAACATGGTGTGATGGGTACTACAATGGAGACATTAAAACACGGAAAACAGTACAAGCAGAAGAAATGAAGGAGGATGACGATGAAGTGGGTTTTCAAAGAACAGAGCAATTAAGACAGCTTTACGAATTGCTTTCAGCCGCCGGTGAACCGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

507 aa · LXL04_026444|LXL04_026444|OH1004|PROTEIN

MAAMENLRQKLAMAVKSIQWSYAIFWSISTTEPGVLTWCDGYYNGDIKTRKTVQAEEMKEDDDEVGFQRTEQLRQLYELLSAAGEPQTRRPSAALSPEDLTDAEWYFLVCMTFEFSNGQGLPGRTLANSTTSWLCNAHFADSKVFSRSLLAKSASIQTVACFPYLEGVVEFGITEKVVEDQNIIKKIKAFINDPPPQKILEFPLESCPHILDDDTMLEYDQTLVTNTHNSPKNGCFQSHEQSWQFIDDEEVSVFENNSTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026444`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026444

位置 Chr05:126398821-126401152 (-)

描述 Similar to BHLH2: Transcription factor EGL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63650`	转录激活剂，当与 MYB75/PAP1、MYB90/PAP2 或 TT2 结合时。	A network of redundant bHLH proteins functions in all TTG1-dependent pathways of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00681 The bHLH genes GLABRA3 (GL3) and ENHANCER OF GLABRA3 (EGL3) specify epidermal cell fate in the Arabidopsis root.2003 · DOI: 10.1242/dev.00880 The bHLH genes GL3 and EGL3 participate in an intercellular regulatory circuit that controls cell patterning in the Arabidopsis root epidermis.2005 · DOI: 10.1242/dev.01565
`At5g41315`	转录激活剂，当与 MYB75/PAP1、MYB90/PAP2 或 TT2 结合时。	暂无已核实直接文献
`At4g09820`	转录激活因子，当与MYB75/PAP1或MYB90/PAP2结合时发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g00480`	转录激活因子，当与MYB75/PAP1或MYB90/PAP2结合时发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009962 regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0031542 positive regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048629 trichome patterning 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63650

ath:AT4G00480

ath:AT4G09820

ath:AT5G41315

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.875

排名 1 · LXL04_026444 · OH-1004

细胞质0.178

排名 2 · LXL04_026444 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 3 · LXL04_026444 · OH-1004

内质网0.031

排名 4 · LXL04_026444 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_026444 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14215.13bHLH-MYC_N7-189 aa

PF00010.32HLH352-388 aa

PF23173.3bHLH_SAC51352-391 aa

PF22754.5bHLH-TF_ACT-like_plant439-493 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026444	`PF14215.13`	bHLH-MYC_N	7	189	1.6e-50	172.6
LXL04_026444	`PF00010.32`	HLH	352	388	1.1e-06	29.0
LXL04_026444	`PF23173.3`	bHLH_SAC51	352	391	1.4e-06	28.8
LXL04_026444	`PF22754.5`	bHLH-TF_ACT-like_plant	439	493	4e-16	59.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAD0`	拟南芥	Transcription factor EGL1	41.476%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN69`	拟南芥	Transcription factor GLABRA 3	38.499%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FT81`	拟南芥	Transcription factor TT8	33.462%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W2F1`	拟南芥	Transcription factor MYC1	33.520%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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