LXL04_026315 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026315

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 124821338-124821850 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

306 bp · LXL04_026315|LXL04_026315|OH1004|cDNA

ATGTCGGGCATCAACGGATTAGCTGACGAAGACGAGAAGAAACCTATTGTTCAGTCGACGCACATCACCATCAAGGTTAATGTTCATCAGCGTGAGAAGCTGGAGTTGTTCTTTAGGATCAAGCGTAACACAAAGCTAAAGAAGTTAGTAGATGCGTGCTGTGACAGACAGTCATTGGAGAAGAAGTTAGTTGATTTTCTTATTGATGGGACACGTTTAAGAGAGGAACAAACTCCTGATGAGCTTGAGATGGAGGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

306 bp · LXL04_026315|LXL04_026315|OH1004|CDS

ATGTCGGGCATCAACGGATTAGCTGACGAAGACGAGAAGAAACCTATTGTTCAGTCGACGCACATCACCATCAAGGTTAATGTTCATCAGCGTGAGAAGCTGGAGTTGTTCTTTAGGATCAAGCGTAACACAAAGCTAAAGAAGTTAGTAGATGCGTGCTGTGACAGACAGTCATTGGAGAAGAAGTTAGTTGATTTTCTTATTGATGGGACACGTTTAAGAGAGGAACAAACTCCTGATGAGCTTGAGATGGAGGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

101 aa · LXL04_026315|LXL04_026315|OH1004|PROTEIN

MSGINGLADEDEKKPIVQSTHITIKVNVHQREKLELFFRIKRNTKLKKLVDACCDRQSLEKKLVDFLIDGTRLREEQTPDELEMEEGDEIDVMLHHDGGGI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026315`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026315

位置 Chr05:124821338-124821850 (+)

描述 Similar to SUMO2: Small ubiquitin-related modifier 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55160`	泛素样蛋白，可以作为单体共价连接到靶赖氨酸上。	Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285
`At4g26840`	泛素样蛋白，可以作为单体共价连接到靶赖氨酸上。	SIZ1 small ubiquitin-like modifier E3 ligase facilitates basal thermotolerance in Arabidopsis independent of salicylic acid.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.088831 Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285 Sumoylation of Arabidopsis heat shock factor A2 (HsfA2) modifies its activity during acquired thermotholerance.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9652-1
`At5g48710`	泛素样蛋白，可以作为单体共价连接到靶赖氨酸上。	暂无已核实直接文献
`At5g55856`	泛素样蛋白，可以作为单体共价连接到靶赖氨酸上。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0918300`	泛素样蛋白，可以作为单体共价连接到靶赖氨酸上。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026315 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031386 protein tag activity 分子功能

GO:0044389 ubiquitin-like protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26840

ath:AT5G48710

ath:AT5G55160

ath:AT5G55856

dosa:Os01g0918300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.720

排名 1 · LXL04_026315 · OH-1004

细胞质0.417

排名 2 · LXL04_026315 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_026315 · OH-1004

线粒体0.028

排名 4 · LXL04_026315 · OH-1004

内质网0.022

排名 5 · LXL04_026315 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240.30ubiquitin22-95 aa

PF11976.15Rad60-SLD24-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026315	`PF00240.30`	ubiquitin	22	95	5.4e-08	33.2
LXL04_026315	`PF11976.15`	Rad60-SLD	24	94	1e-16	61.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLP6`	拟南芥	Small ubiquitin-related modifier 2	60.440%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P55852`	拟南芥	Small ubiquitin-related modifier 1	57.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKC5`	拟南芥	Putative small ubiquitin-related modifier 4	39.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B3H5R8`	拟南芥	Putative small ubiquitin-related modifier 8	39.773%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P55857`	水稻	Small ubiquitin-related modifier 1	56.842%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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