LXL04_024084 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024084

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 80739674-80746651 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3750 bp · LXL04_024084|LXL04_024084|OH1004|cDNA

ATGGGGAAAGTGATGGATAACACCGGCGAGTTCATGTCTACCGATCCCAAGTCAACCCCAGGGAAGAAACCACCATCAACTCCAAGGCTTTTCATCAAAGAAATGGTTATGCAGAATTTCAAATCTTACGCTGGTGCACAGCGCGTTGGACCCTTTCATAAGAGCTTTACCGCTGTTGTCGGTCCTAATGGTAGCGGGAAGAGTAATGTTATTGATGCCATGTTGTTCGTATTTGGAAAGCGAGCTAAGCAGATGCGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3750 bp · LXL04_024084|LXL04_024084|OH1004|CDS

ATGGGGAAAGTGATGGATAACACCGGCGAGTTCATGTCTACCGATCCCAAGTCAACCCCAGGGAAGAAACCACCATCAACTCCAAGGCTTTTCATCAAAGAAATGGTTATGCAGAATTTCAAATCTTACGCTGGTGCACAGCGCGTTGGACCCTTTCATAAGAGCTTTACCGCTGTTGTCGGTCCTAATGGTAGCGGGAAGAGTAATGTTATTGATGCCATGTTGTTCGTATTTGGAAAGCGAGCTAAGCAGATGCGTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1249 aa · LXL04_024084|LXL04_024084|OH1004|PROTEIN

MGKVMDNTGEFMSTDPKSTPGKKPPSTPRLFIKEMVMQNFKSYAGAQRVGPFHKSFTAVVGPNGSGKSNVIDAMLFVFGKRAKQMRLNKVSELIHNSTNHQNLNSARVSVHFQEIIDLDDDTYEAVPGSDFVIAREAFRDNSSKYYINGRDSKFTEVTKKLKGKGVDLDNNRFLILQGEVEQISLMKPKAQGPHDEGFLEYLEDIIGTNKYLEKIEESHKQLEALNEKRSGVVQMVKLADKERENLESVKNEAEDYMLKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024084`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024084

位置 Chr05:80739674-80746651 (+)

描述 Similar to SMC4: Structural maintenance of chromosomes protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48600`	凝缩蛋白复合体的中心成分，是一种将间期染色质转化为有丝分裂样凝缩染色体所需的复合体。	Disruption of the Arabidopsis SMC4 gene, AtCAP-C, compromises gametogenesis and embryogenesis.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0234-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024084 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程

GO:0048468 cell development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051383 kinetochore organization 生物过程

GO:0051984 positive regulation of chromosome segregation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48600

ddi:DDB_G0286403

hsa:10051

mmu:70099

xla:397799

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.691

排名 1 · LXL04_024084 · OH-1004

细胞质0.323

排名 2 · LXL04_024084 · OH-1004

线粒体0.036

排名 3 · LXL04_024084 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 4 · LXL04_024084 · OH-1004

高尔基体0.025

排名 5 · LXL04_024084 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463.26SMC_N31-1233 aa

PF13555.13AAA_2933-91 aa

PF13476.13AAA_2335-255 aa

PF13304.13AAA_2156-124 aa

PF06470.19SMC_hinge561-677 aa

PF24161.2CCDC39722-846 aa

PF24627.2PUMA_CC733-797 aa

PF24161.2CCDC39849-1110 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024084	`PF02463.26`	SMC_N	31	1233	3.1e-55	187.7
LXL04_024084	`PF13555.13`	AAA_29	33	91	2.7e-07	30.9
LXL04_024084	`PF13476.13`	AAA_23	35	255	1.5e-12	49.3
LXL04_024084	`PF13304.13`	AAA_21	56	124	2.6e-11	44.7
LXL04_024084	`PF06470.19`	SMC_hinge	561	677	1.7e-23	83.9
LXL04_024084	`PF24161.2`	CCDC39	722	846	9e-06	24.6
LXL04_024084	`PF24627.2`	PUMA_CC	733	797	2.4e-06	28.2
LXL04_024084	`PF24161.2`	CCDC39	849	1110	9e-06	24.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJL0`	拟南芥	Structural maintenance of chromosomes protein 4	71.487%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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