LXL04_023711 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023711

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 64536479-64539558 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · LXL04_023711|LXL04_023711|OH1004|cDNA

ATGCAGCATCTACAAATGTCACTCACTGTATTTACCAAATCTTTGCTAAATATAGGAAAAACCTTTTCCCTACAACGCCCAATTACCGATCAGAGCCCTAACCCTAAAAACTCAACCTGGATGGAGAGAAACGAGGCGTGTAGTTTGAGGGCATTTGGTGGGTTCGAAATCGGACTTGGAATGGGAGTCGGAATGAAATTTGCTGGTGTCCAAGACAACAGCTACAAAAGTAAAACCAATAAACCTGCTGATCCTGCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_023711|LXL04_023711|OH1004|CDS

ATGCAGCATCTACAAATGTCACTCACTGTATTTACCAAATCTTTGCTAAATATAGGAAAAACCTTTTCCCTACAACGCCCAATTACCGATCAGAGCCCTAACCCTAAAAACTCAACCTGGATGGAGAGAAACGAGGCGTGTAGTTTGAGGGCATTTGGTGGGTTCGAAATCGGACTTGGAATGGGAGTCGGAATGAAATTTGCTGGTGTCCAAGACAACAGCTACAAAAGTAAAACCAATAAACCTGCTGATCCTGCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_023711|LXL04_023711|OH1004|PROTEIN

MQHLQMSLTVFTKSLLNIGKTFSLQRPITDQSPNPKNSTWMERNEACSLRAFGGFEIGLGMGVGMKFAGVQDNSYKSKTNKPADPATAVVVDRDLVAAARFDFLKKKRMPRFRRGASTAVRSFRPFTSFANPLPANIVDQGRLTFLFSKKLQKSDVGVLKRIVLPKKPAETHLPALIAKEGIILEMDDMDSMHVWCFKFRFWPNNNSRMYVLEGTGEFAEEHELQVGDYIMLYRDSVNLNYVIQAVKAYEVEEYTKKEMK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023711`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023711

位置 Chr05:64536479-64539558 (-)

描述 Similar to FUS3: B3 domain-containing transcription factor FUS3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26790`	参与胚胎发生晚期基因调控的转录调节因子。	The FUS3 transcription factor functions through the epidermal regulator TTG1 during embryogenesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01939.x The transcription factor FUSCA3 controls developmental timing in Arabidopsis through the hormones gibberellin and abscisic acid.2004 · DOI: 10.1016/j.devcel.2004.06.017 AKIN10 and FUSCA3 interact to control lateral organ development and phase transitions in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04832.x Overlapping and distinct roles of AKIN10 and FUSCA3 in ABA and sugar signaling during seed germination.2012 · DOI: 10.4161/psb.21549
`At3g24650`	参与种子发育过程中脱落酸调节的基因表达。	A pivotal role of the basic leucine zipper transcription factor bZIP53 in the regulation of Arabidopsis seed maturation gene expression based on heterodimerization and protein complex formation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062968 ABI3 controls embryo degreening through Mendel's I locus.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1308114110

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0911700`	可能的转录因子，可能参与种子发育期间的脱落酸调控基因表达。	暂无已核实直接文献
`Os01g0713600`	参与开花时间调控的转录抑制因子。	Ectopic expression of OsLFL1 in rice represses Ehd1 by binding on its promoter.2007 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2007.06.041 Overexpression of transcription factor OsLFL1 delays flowering time in Oryza sativa.2008 · DOI: 10.1016/j.jplph.2007.07.010

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010116 positive regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24650

ath:AT3G26790

dosa:Os01g0713600

dosa:Os01g0911700

zma:542523

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957

排名 1 · LXL04_023711 · OH-1004

细胞质0.099

排名 2 · LXL04_023711 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 3 · LXL04_023711 · OH-1004

内质网0.028

排名 4 · LXL04_023711 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_023711 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3147-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023711	`PF02362.27`	B3	147	244	6.9e-13	49.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LW31`	拟南芥	B3 domain-containing transcription factor FUS3	41.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q01593`	拟南芥	B3 domain-containing transcription factor ABI3	53.704%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P37398`	水稻	B3 domain-containing protein VP1	51.429%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A4LBC0`	水稻	B3 domain-containing protein LFL1	46.377%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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