LXL04_022527 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022527

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 250169-257633 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4251 bp · LXL04_022527|LXL04_022527|OH1004|cDNA

ATGGAAAATGATACtaatgaagatatgaagaacactaATGATGTAGAAGATGCATCTGTGATTGATACTAAAGCAAAATTGTCTGGATCTGgtaaaaagaagaagaaattcaACATAGAGAAGATGGAATCGATTGAAATCAAAAGTTCTAAACTAAAGGGACACTTTAATCACTTAGCTAAGAAGAAACAAATCAGAAGTAGAATGGAGGAAGTAGCTACTTCTAAGAAGGAAGGAAATGAAGATGAATTGAATCCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4251 bp · LXL04_022527|LXL04_022527|OH1004|CDS

ATGGAAAATGATACTAATGAAGATATGAAGAACACTAATGATGTAGAAGATGCATCTGTGATTGATACTAAAGCAAAATTGTCTGGATCTGGTAAAAAGAAGAAGAAATTCAACATAGAGAAGATGGAATCGATTGAAATCAAAAGTTCTAAACTAAAGGGACACTTTAATCACTTAGCTAAGAAGAAACAAATCAGAAGTAGAATGGAGGAAGTAGCTACTTCTAAGAAGGAAGGAAATGAAGATGAATTGAATCCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1416 aa · LXL04_022527|LXL04_022527|OH1004|PROTEIN

MENDTNEDMKNTNDVEDASVIDTKAKLSGSGKKKKKFNIEKMESIEIKSSKLKGHFNHLAKKKQIRSRMEEVATSKKEGNEDELNPIVDSAMENDNYNKESTKWNSEGGSSLIVDTVMQAAIEKALNDNFANETVTQNIEHVKDQLNGSVDAGSNSHLGINGDPKLFPGNPTDSEMMNVTDGDTLRSIDDTIIAKMMEQGNNQNVKNVLSDIQNKESEQGMNQLKNSSSENAMEVDSVNNNIEGSTIDLSLNEKTGELKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022527`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022527

位置 Chr05:250169-257633 (+)

描述 Similar to VPS51: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02030`	作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。	Arabidopsis UNHINGED encodes a VPS51 homolog and reveals a role for the GARP complex in leaf shape and vein patterning.2014 · DOI: 10.1242/dev.099333
`At4g02060`	推测是MCM2-7复合物（MCM复合物）的组成部分，可能作为DNA解旋酶功能，对真核细胞每个细胞周期进行一次复制起始和延伸是必需的（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0560700`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BMI1`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022527 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0007041 lysosomal transport 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02030

ath:AT4G02060

dme:Dmel_CG15087

dosa:Os12g0560700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.417

排名 1 · LXL04_022527 · OH-1004

细胞核0.328

排名 2 · LXL04_022527 · OH-1004

细胞膜0.213

排名 3 · LXL04_022527 · OH-1004

内质网0.091

排名 4 · LXL04_022527 · OH-1004

高尔基体0.075

排名 5 · LXL04_022527 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14111.13DUF4283333-408 aa

PF14551.12MCM_N1035-1114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022527	`PF14111.13`	DUF4283	333	408	2.7e-11	43.7
LXL04_022527	`PF14551.12`	MCM_N	1035	1114	1.7e-09	38.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQ75`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog	56.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P43299`	拟南芥	DNA replication licensing factor MCM7	67.619%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QNM1`	水稻	DNA replication licensing factor MCM7	67.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8BMI1`	水稻	DNA replication licensing factor MCM7	67.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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