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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022467
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 150974718-150976859 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1188 bp · LXL04_022467|LXL04_022467|OH1004|cDNA

ATGTTCgacaacaaccaccaccaccaccaccaccaccatcactTCACTGCATCCCATGGCCCAGGTCCGGGCCCTTCTTCCTCTTCCGATCTCTTCTCTTCCCCAGATAACGGCCTTCCCAGCAAAAGAAAAAGGCGTCCCGCTGGTACTCCAGATCCAGATGCGGAGGTGGTGTCCTTGTCTCCGAAGATCTTGCTTGAGTCAGACCAATACGTGTGCGAGATCTGCAACCAAGGGTTCCAGAGGGATCAGAATCTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · LXL04_022467|LXL04_022467|OH1004|CDS

ATGTTCGACAACAACCACCACCACCACCACCACCACCATCACTTCACTGCATCCCATGGCCCAGGTCCGGGCCCTTCTTCCTCTTCCGATCTCTTCTCTTCCCCAGATAACGGCCTTCCCAGCAAAAGAAAAAGGCGTCCCGCTGGTACTCCAGATCCAGATGCGGAGGTGGTGTCCTTGTCTCCGAAGATCTTGCTTGAGTCAGACCAATACGTGTGCGAGATCTGCAACCAAGGGTTCCAGAGGGATCAGAATCTGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

395 aa · LXL04_022467|LXL04_022467|OH1004|PROTEIN

MFDNNHHHHHHHHHFTASHGPGPGPSSSSDLFSSPDNGLPSKRKRRPAGTPDPDAEVVSLSPKILLESDQYVCEICNQGFQRDQNLQMHRRRHKVPWKLLKRDSPEVKKRVFVCPEPTCLHHDPCHALGDLVGIKKHFRRKHSNNKQWVCEKCSKGYAVQSDYKAHLKTCGTRGHSCDCGRVFSRVESFIEHQDACTVRRIHADLPAFQPACSSRTASSTSPTNDKNLTSIPTMPRSQHHNGFSHSQEDMQNNLELQLLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022467
TK1151 IDTkA02G298400
OH-1004 IDLXL04_022467
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)69.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.657 / OH-1004 91.899
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022467
位置Chr04:150974718-150976859 (-)
描述Similar to SGR5: Zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g01940 参与花序茎重力向性反应的转录因子，可能通过调节感重细胞淀粉体中淀粉的积累。
A C2H2-type zinc finger protein, SGR5, is involved in early events of gravitropism in Arabidopsis inflorescence stems.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02807.x
Altered gravitropic response, amyloplast sedimentation and circumnutation in the Arabidopsis shoot gravitropism 5 mutant are associated with reduced starch levels.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9301-0
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
Mutations in the SGR4, SGR5 and SGR6 loci of Arabidopsis thaliana alter the shoot gravitropism.1997 · DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029201
At1g68130 通过直接结合 QQS 启动子来调节淀粉代谢的转录因子。
Two splice variants of the IDD14 transcription factor competitively form nonfunctional heterodimers which may regulate starch metabolism.2011 · DOI: 10.1038/ncomms1303
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
At1g25250 调控侧生器官形态发生和向地性反应的转录因子。
The arabidopsis IDD14, IDD15, and IDD16 cooperatively regulate lateral organ morphogenesis and gravitropism by promoting auxin biosynthesis and transport.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003759
At2g02080 转录因子，可能作为核编码光合作用基因表达的转录激活剂（可能）。 暂无已核实直接文献
At3g50700 转录因子，作为赤霉素 作用、稳态和信号传导的正调节因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程
GO:0009590 detection of gravity 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009959 negative gravitropism 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010031 circumnutation 生物过程
GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G25250
ath:AT1G68130
ath:AT2G01940
ath:AT2G02080
ath:AT3G50700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971
排名 1 · LXL04_022467 · OH-1004
细胞质0.091
排名 2 · LXL04_022467 · OH-1004
细胞膜0.026
排名 3 · LXL04_022467 · OH-1004
内质网0.013
排名 4 · LXL04_022467 · OH-1004
质体0.009
排名 5 · LXL04_022467 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22996.3C2H2-2nd_BIRD-IDD108-142 aa
PF22995.3C2CH-3rd_BIRD-IDD147-171 aa
PF22992.3C2CH-4th_BIRD-IDD175-197 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022467PF22996.3C2H2-2nd_BIRD-IDD1081426.3e-1968.4
LXL04_022467PF22995.3C2CH-3rd_BIRD-IDD1471711.9e-1453.7
LXL04_022467PF22992.3C2CH-4th_BIRD-IDD1751972.8e-0627.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IPE3拟南芥Zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 558.663%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C9X7拟南芥Protein indeterminate-domain 1458.158%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FRH4拟南芥Protein indeterminate-domain 1658.496%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8GYC1拟南芥Protein indeterminate-domain 4, chloroplastic55.615%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SCQ6拟南芥Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 161.963%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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