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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022372
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 149296563-149298194 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1632 bp · LXL04_022372|LXL04_022372|OH1004|cDNA

ATGGCAATCAGATCACTCTCCCGGCGAACCAAAACCATATACCGTCTATTCACCGGAACTACTGCTTCTCCGACACCCAATCTCCGACTCGTCTCACCTCCTCCCTCCTTGCTTCACCTCCTCTTTCTACCCTACTCCTCTCTAACTCTCCCTTCTTCCGCCCCACCTACCCATTCCTCTTCTTCAACAGAACTCGTCAACGACATCTCTCGAATCCTCAGTGACTACCGGAGCCCCCGTCACGACATCGTTTCAGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · LXL04_022372|LXL04_022372|OH1004|CDS

ATGGCAATCAGATCACTCTCCCGGCGAACCAAAACCATATACCGTCTATTCACCGGAACTACTGCTTCTCCGACACCCAATCTCCGACTCGTCTCACCTCCTCCCTCCTTGCTTCACCTCCTCTTTCTACCCTACTCCTCTCTAACTCTCCCTTCTTCCGCCCCACCTACCCATTCCTCTTCTTCAACAGAACTCGTCAACGACATCTCTCGAATCCTCAGTGACTACCGGAGCCCCCGTCACGACATCGTTTCAGCTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

543 aa · LXL04_022372|LXL04_022372|OH1004|PROTEIN

MAIRSLSRRTKTIYRLFTGTTASPTPNLRLVSPPPSLLHLLFLPYSSLTLPSSAPPTHSSSSTELVNDISRILSDYRSPRHDIVSALTPFSDTVTTDLVEQVLKRCNNLGVSAHRFFLWAKNLPGFVHSKYSYHILIDILGRSKQFPLVWDFLGEMKESQSCEITSVIFWGIFSAYSRANLPSDAIRAFNNMVDYGIQPSINDLDQLLYVLCKRKHVREAQTFFDKIKHELSPTVKTYSILVRGWGFIGESSEAQKVFDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022372
TK1151 IDTkA05G463680
OH-1004 IDLXL04_022372
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022372
位置Chr04:149296563-149298194 (-)
描述Similar to At1g52640: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52640, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g52640 含五三肽重复序列蛋白At1g52640，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g77360 含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g49730 含五重复肽的蛋白质 At3g49730。 暂无已核实直接文献
At1g20300 含五肽重复的蛋白 At1g20300，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g71060 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022372 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20300
ath:AT1G52640
ath:AT1G77360
ath:AT3G49730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.724
排名 1 · LXL04_022372 · OH-1004
质体0.147
排名 2 · LXL04_022372 · OH-1004
细胞核0.076
排名 3 · LXL04_022372 · OH-1004
细胞质0.029
排名 4 · LXL04_022372 · OH-1004
细胞膜0.010
排名 5 · LXL04_022372 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N137-259 aa
PF13812.13PPR_3189-242 aa
PF13041.13PPR_2207-244 aa
PF12854.14PPR_1231-261 aa
PF01535.27PPR237-266 aa
PF13041.13PPR_2249-282 aa
PF17177.11PPR_long253-330 aa
PF23276.3TPR_24254-333 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022372PF29070.1MSC6_N1372593.8e-2589.5
LXL04_022372PF13812.13PPR_31892425.9e-40135.9
LXL04_022372PF13041.13PPR_22072441.5e-81269.0
LXL04_022372PF12854.14PPR_12312612.6e-66219.7
LXL04_022372PF01535.27PPR2372666.8e-51167.7
LXL04_022372PF13041.13PPR_22492821.5e-81269.0
LXL04_022372PF17177.11PPR_long2533308.1e-2484.9
LXL04_022372PF23276.3TPR_242543335.4e-2278.9
LXL04_022372PF13812.13PPR_32563135.9e-40135.9
LXL04_022372PF12854.14PPR_12642972.6e-66219.7
LXL04_022372PF13041.13PPR_22693171.5e-81269.0
LXL04_022372PF01535.27PPR2723016.8e-51167.7
LXL04_022372PF13812.13PPR_32913485.9e-40135.9
LXL04_022372PF12854.14PPR_12993292.6e-66219.7
LXL04_022372PF23276.3TPR_243083875.4e-2278.9
LXL04_022372PF13041.13PPR_23113521.5e-81269.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SSR6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52640, mitochondrial60.259%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FVX2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial32.080%Swiss-Prot中等数据库同源证据
P0C8A0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4973029.478%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LN22拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial31.604%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C9A2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial30.064%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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