LXL04_021802 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021802

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 137128106-137136183 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3738 bp · LXL04_021802|LXL04_021802|OH1004|cDNA

ATGGTTGCTTCCCAATGGACTGCAAGGAAGACCATGGATCatgttgactttgactttgactttcCGGACGTATTtggtccaccaccgccacctcAACAACCTTCTGTACCCAACACAAACGAATTATTAGTATACGATGAGCCGGAAGTCATATGTAGCCGTTCCCATTCATTAGTGGGTCCCACAACTTTTACAAACCAGTCCTTGAAGCTTAGTTCAATGGCTTTACAAGAGCTTGAAGAGTCTCCTTTTGTTGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3738 bp · LXL04_021802|LXL04_021802|OH1004|CDS

ATGGTTGCTTCCCAATGGACTGCAAGGAAGACCATGGATCATGTTGACTTTGACTTTGACTTTCCGGACGTATTTGGTCCACCACCGCCACCTCAACAACCTTCTGTACCCAACACAAACGAATTATTAGTATACGATGAGCCGGAAGTCATATGTAGCCGTTCCCATTCATTAGTGGGTCCCACAACTTTTACAAACCAGTCCTTGAAGCTTAGTTCAATGGCTTTACAAGAGCTTGAAGAGTCTCCTTTTGTTGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1245 aa · LXL04_021802|LXL04_021802|OH1004|PROTEIN

MVASQWTARKTMDHVDFDFDFPDVFGPPPPPQQPSVPNTNELLVYDEPEVICSRSHSLVGPTTFTNQSLKLSSMALQELEESPFVDFVVDDDGSLDYTLASMLLRPGPICALLNAQFPEVNEDVENVPRVYIKTLYDRVVKPEQQEKMIAKWPPSHHLVDETGRDENRSEYGIATYTGVLGDQNTSEHVKERLALLKFKHGVQDDSGMLSSWVGNDCCVWEGIHCDAITRNVESLHLRGNFQIEDEFLERSFLGGYEVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021802`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021802

位置 Chr04:137128106-137136183 (-)

描述 Similar to EIX2: Receptor-like protein EIX2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g15080`	受体样蛋白 19。	暂无已核实直接文献
`At4g13920`	类受体蛋白 50。	暂无已核实直接文献
`At3g11010`	类受体蛋白 34。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021802 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15080

sly:543900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.843

排名 1 · LXL04_021802 · OH-1004

内质网0.099

排名 2 · LXL04_021802 · OH-1004

细胞质0.065

排名 3 · LXL04_021802 · OH-1004

细胞核0.054

排名 4 · LXL04_021802 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_021802 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_2191-226 aa

PF23598.2LRR_14261-524 aa

PF13855.13LRR_8292-347 aa

PF13855.13LRR_8365-426 aa

PF13855.13LRR_8443-507 aa

PF23598.2LRR_14568-641 aa

PF13855.13LRR_8578-627 aa

PF13855.13LRR_8637-696 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021802	`PF08263.18`	LRRNT_2	191	226	2e-10	41.5
LXL04_021802	`PF23598.2`	LRR_14	261	524	2.9e-39	135.5
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	292	347	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	365	426	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	443	507	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF23598.2`	LRR_14	568	641	2.9e-39	135.5
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	578	627	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	637	696	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF23598.2`	LRR_14	647	740	2.9e-39	135.5
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	759	818	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	839	894	1e-68	227.7
LXL04_021802	`PF12799.14`	LRR_4	860	895	2.6e-41	139.4
LXL04_021802	`PF23598.2`	LRR_14	904	987	2.9e-39	135.5
LXL04_021802	`PF23598.2`	LRR_14	1064	1127	2.9e-39	135.5
LXL04_021802	`PF13855.13`	LRR_8	1070	1128	1e-68	227.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUK3`	拟南芥	Receptor-like protein 19	31.787%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93YT3`	拟南芥	Receptor-like protein 50	33.777%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRL2`	拟南芥	Receptor-like protein 34	33.619%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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