LXL04_021486 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021486

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 131093698-131099466 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3924 bp · LXL04_021486|LXL04_021486|OH1004|cDNA

ATGGTGTTTAAAGGCAGATTCTTCTCTTCAAAGAAATCTTCCGGCACTTCGAGCCCCGAGGGATCCAACAGTCCTCGATCTATTGGTTCTAACTCAAATTCTCCCATCAGATCCGAAAAGAAGAAACCCAAGTCCGCCACTAAAGAAGATCATCATCGGCCGATCGGTGGCACTTCTTCGTTTCGTCAAACTCAAGTCAAAGATGGTTTAACTCCAACTTCAAACCTAAAGAACCAGAATCAGACCAAGAAAGACGTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

3924 bp · LXL04_021486|LXL04_021486|OH1004|CDS

ATGGTGTTTAAAGGCAGATTCTTCTCTTCAAAGAAATCTTCCGGCACTTCGAGCCCCGAGGGATCCAACAGTCCTCGATCTATTGGTTCTAACTCAAATTCTCCCATCAGATCCGAAAAGAAGAAACCCAAGTCCGCCACTAAAGAAGATCATCATCGGCCGATCGGTGGCACTTCTTCGTTTCGTCAAACTCAAGTCAAAGATGGTTTAACTCCAACTTCAAACCTAAAGAACCAGAATCAGACCAAGAAAGACGTACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1307 aa · LXL04_021486|LXL04_021486|OH1004|PROTEIN

MVFKGRFFSSKKSSGTSSPEGSNSPRSIGSNSNSPIRSEKKKPKSATKEDHHRPIGGTSSFRQTQVKDGLTPTSNLKNQNQTKKDVPVATESKIHAQPQIPISTRPSSGAASTSSKSTASEVPPTVSPILASSLGLNRIKTRSGPLPRESFLAFNRDSNNNNNNANSKMSSLGASNLSKAKNSAGGDDDSFKKMGFAADKKKLPSSFENADRSSWADNVSTSDATIKSLPLRDQTPHVLGRSPLRNGESSSEAGRLKSRG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021486`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021486

位置 Chr04:131093698-131099466 (+)

描述 Similar to IREH1: Probable serine/threonine protein kinase IREH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17850`	可能参与根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At1g48490`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRE3。	暂无已核实直接文献
`At5g62310`	调节根尖生长。	暂无已核实直接文献
`At1g45160`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRE4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0035618 root hair 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45160

ath:AT1G48490

ath:AT3G17850

ath:AT5G62310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.571

排名 1 · LXL04_021486 · OH-1004

细胞核0.277

排名 2 · LXL04_021486 · OH-1004

细胞膜0.215

排名 3 · LXL04_021486 · OH-1004

高尔基体0.065

排名 4 · LXL04_021486 · OH-1004

线粒体0.049

排名 5 · LXL04_021486 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26031.1IREH1328-446 aa

PF00069.32Pkinase899-1190 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr900-1046 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1081-1176 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021486	`PF26031.1`	IREH1	328	446	1.8e-55	187.1
LXL04_021486	`PF00069.32`	Pkinase	899	1190	5.8e-67	226.6
LXL04_021486	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	900	1046	9.5e-33	114.3
LXL04_021486	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1081	1176	9.5e-33	114.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J6F6`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IREH1	62.938%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HYG2`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE3	58.559%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LE81`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE	56.238%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HPN2`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE4	53.736%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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