LXL04_021411 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021411

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 129092137-129100786 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1449 bp · LXL04_021411|LXL04_021411|OH1004|cDNA

ATGGCGACAGAAAGTTCTAGATCGTCAAGCTCGTCAGCCGATTCGTATATCGGAAGCTTGATCAGCTTGACGTCCAAGAGTGAAATTAGATACGAGGGCATTTTGTATAACATCAACACTGAAGAATCCTCAATTGGATTGCGTAACGTAAGATCATTTGGAACTGAAGGGAGAAAAAAGGATGGCCCCAAACTCATGCCTAGCGACAAAGTTTATGAATACATATTGTTTCGTGGAAGTGACATCAAGGATCTTCAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · LXL04_021411|LXL04_021411|OH1004|CDS

ATGGCGACAGAAAGTTCTAGATCGTCAAGCTCGTCAGCCGATTCGTATATCGGAAGCTTGATCAGCTTGACGTCCAAGAGTGAAATTAGATACGAGGGCATTTTGTATAACATCAACACTGAAGAATCCTCAATTGGATTGCGTAACGTAAGATCATTTGGAACTGAAGGGAGAAAAAAGGATGGCCCCAAACTCATGCCTAGCGACAAAGTTTATGAATACATATTGTTTCGTGGAAGTGACATCAAGGATCTTCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

412 aa · LXL04_021411|LXL04_021411|OH1004|PROTEIN

MATESSRSSSSSADSYIGSLISLTSKSEIRYEGILYNINTEESSIGLRNVRSFGTEGRKKDGPKLMPSDKVYEYILFRGSDIKDLQVKSSLPIQPTQPIINNDPAIIQSHYPISSTPTNSLPDMSIQNPPTLQGGPGPPLYSPGPNPGAWAPMPPHPNPTSTGLPMPPMYWPGFYGPPNGVPQLHQQLLRPPLQYPVYNRSLPGGSPLLATDTLPSLMQNKPPDFVGPTESLPTRTPSLVTPGQLLQSAVDSEEEAVQVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021411`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021411

位置 Chr04:129092137-129100786 (-)

描述 Similar to DCP5: Protein decapping 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26110`	作为脱帽复合物的组成部分，参与 mRNA 的降解。	Arabidopsis decapping 5 is required for mRNA decapping, P-body formation, and translational repression during postembryonic development.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.070078
`At5g45330`	作为脱帽复合物的组成部分，参与 mRNA 的降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021411 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010606 positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0033962 P-body assembly 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0072686 mitotic spindle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26110

ath:AT5G45330

pon:100173930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.717

排名 1 · LXL04_021411 · OH-1004

细胞核0.340

排名 2 · LXL04_021411 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 3 · LXL04_021411 · OH-1004

高尔基体0.042

排名 4 · LXL04_021411 · OH-1004

内质网0.041

排名 5 · LXL04_021411 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14438.13SM-ATX14-88 aa

PF12701.14LSM1416-89 aa

PF09532.16FDF325-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021411	`PF14438.13`	SM-ATX	14	88	6.6e-12	46.2
LXL04_021411	`PF12701.14`	LSM14	16	89	3.7e-32	110.9
LXL04_021411	`PF09532.16`	FDF	325	411	5.2e-13	50.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C658`	拟南芥	Protein decapping 5	63.551%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FH77`	拟南芥	Decapping 5-like protein	56.410%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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