LXL04_021010 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021010

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 118665931-118675718 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1734 bp · LXL04_021010|LXL04_021010|OH1004|cDNA

ATGGAAGTGGAACAAGAACTGGACACATGGGAAGGTTATGTTGATTGGAAGAACAAACCTGCTAAAAGAGGTCGCCACGGTGGGATGCTTGCAGCCTTCTTTGTGTTAGTTGTGGAGGTGATGGAGAACTTGGCTTATTTAGCGAATGCAAGCAATTTGGTGTTGTACTTGATAGAACACATGCACTTTTCACCTTCAAAAGCAGCAAATAATGTCACAGATTTCATGGGAACTGCTTTTCTTCTTGCTCTTCTTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1734 bp · LXL04_021010|LXL04_021010|OH1004|CDS

ATGGAAGTGGAACAAGAACTGGACACATGGGAAGGTTATGTTGATTGGAAGAACAAACCTGCTAAAAGAGGTCGCCACGGTGGGATGCTTGCAGCCTTCTTTGTGTTAGTTGTGGAGGTGATGGAGAACTTGGCTTATTTAGCGAATGCAAGCAATTTGGTGTTGTACTTGATAGAACACATGCACTTTTCACCTTCAAAAGCAGCAAATAATGTCACAGATTTCATGGGAACTGCTTTTCTTCTTGCTCTTCTTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

577 aa · LXL04_021010|LXL04_021010|OH1004|PROTEIN

MEVEQELDTWEGYVDWKNKPAKRGRHGGMLAAFFVLVVEVMENLAYLANASNLVLYLIEHMHFSPSKAANNVTDFMGTAFLLALLGGFLSDAFFTTYHIYLISALVEFLGLIILTIQARSSWLQPPKCPSNPTIPCQEAHGGQAAMLFLGLYLVALGVGGIKGSLPTHGAEQFDESSVNGRKQRSTFFNYFVFCLAIGALIAVTFVVWIEDNKGWEWGFGISMLTIFLSIPVFLAGSSFYRNKVPRGSPLTTIFKVLVAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021010`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021010

位置 Chr04:118665931-118675718 (-)

描述 Similar to NPF4.6: Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69850`	低亲和力质子依赖性硝酸盐转运蛋白。	Identification of an abscisic acid transporter by functional screening using the receptor complex as a sensor.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1203567109 Nitrate does not compete with abscisic acid as a substrate of AtNPF4.6/NRT1.2/AIT1 in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.4161/psb.26624
`At1g27040`	参与脱落酸的转运。	暂无已核实直接文献
`At5g62730`	蛋白 NRT1/ PTR 家族 4.7。	暂无已核实直接文献
`At1g59740`	蛋白NRT1/PTR家族4.3。	暂无已核实直接文献
`At3g25260`	参与 (+) 和 (-) 型脱落酸 (ABA) 的运输及赤霉素的引入。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0080168 abscisic acid transport 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015293 symporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27040

ath:AT1G59740

ath:AT1G69850

ath:AT3G25260

ath:AT5G62730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.726

排名 1 · LXL04_021010 · OH-1004

溶酶体／液泡0.088

排名 2 · LXL04_021010 · OH-1004

内质网0.086

排名 3 · LXL04_021010 · OH-1004

细胞质0.080

排名 4 · LXL04_021010 · OH-1004

线粒体0.038

排名 5 · LXL04_021010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00854.28PTR2101-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021010	`PF00854.28`	PTR2	101	527	3.5e-104	349.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H157`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6	71.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VYE4`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5	67.247%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FM20`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.7	62.069%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VV5`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.3	41.017%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSF0`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.1	41.187%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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