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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_020291
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 64113572-64115992 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2421 bp · LXL04_020291|LXL04_020291|OH1004|cDNA

ATGAACCAAACGCGCGTACTGGTTTCATCTGAATCAGATTCTATAATCTCTCAGGCGCTGAATGGTATGATCCTGAAGAGGCTATCAGCAAACCTGAAAACTAGTTATGGTGCCAGCTCCCACTCAATGCACTTCAGACAGCTGCACGGCAGCTGTAGACGCCCACTAAAGAAGCAACAACCGAAGCGTAATTTTGACAAACCTAATTATGGAAATCGAAAGGATTGTCCACCCGCAAAAGTACCTATCGTTTCAGACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2421 bp · LXL04_020291|LXL04_020291|OH1004|CDS

ATGAACCAAACGCGCGTACTGGTTTCATCTGAATCAGATTCTATAATCTCTCAGGCGCTGAATGGTATGATCCTGAAGAGGCTATCAGCAAACCTGAAAACTAGTTATGGTGCCAGCTCCCACTCAATGCACTTCAGACAGCTGCACGGCAGCTGTAGACGCCCACTAAAGAAGCAACAACCGAAGCGTAATTTTGACAAACCTAATTATGGAAATCGAAAGGATTGTCCACCCGCAAAAGTACCTATCGTTTCAGACTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

806 aa · LXL04_020291|LXL04_020291|OH1004|PROTEIN

MNQTRVLVSSESDSIISQALNGMILKRLSANLKTSYGASSHSMHFRQLHGSCRRPLKKQQPKRNFDKPNYGNRKDCPPAKVPIVSDSNIVQSNTAITNYMRSGQCDSALCIFEKMTRRTSVSWNAMISGYLLNRRFDLACQMFEKMPERDLVSWNVMITGCVRNGNLGAARRLFDQMPHRDAVSWNALLSGYAQNGYVEEARKVFDKMPYKNSISWNGILAAYVQNGRLDEACELFESNPSWDVISWNCLMGGYVRSKRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_020291
TK1151 IDTkA02G289520
OH-1004 IDLXL04_020291
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)50.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 55.490 / OH-1004 46.402
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_020291
位置Chr04:64113572-64115992 (+)
描述Similar to PCMP-H24: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At1g09410 含五肽重复的蛋白At1g09410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g56690 Pentatricopeptide重复含蛋白At1g56690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g16835 含五肽重复的蛋白 At4g16835，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0048731 system development 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09410
ath:AT4G02750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.532
排名 1 · LXL04_020291 · OH-1004
质体0.328
排名 2 · LXL04_020291 · OH-1004
细胞核0.066
排名 3 · LXL04_020291 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_020291 · OH-1004
细胞膜0.007
排名 5 · LXL04_020291 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2119-149 aa
PF01535.27PPR121-150 aa
PF12854.14PPR_1149-177 aa
PF13041.13PPR_2150-180 aa
PF01535.27PPR152-179 aa
PF12854.14PPR_1180-208 aa
PF13041.13PPR_2181-211 aa
PF01535.27PPR183-211 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_020291PF13041.13PPR_21191494.9e-109357.0
LXL04_020291PF01535.27PPR1211508.8e-115368.0
LXL04_020291PF12854.14PPR_11491771.8e-79261.9
LXL04_020291PF13041.13PPR_21501804.9e-109357.0
LXL04_020291PF01535.27PPR1521798.8e-115368.0
LXL04_020291PF12854.14PPR_11802081.8e-79261.9
LXL04_020291PF13041.13PPR_21812114.9e-109357.0
LXL04_020291PF01535.27PPR1832118.8e-115368.0
LXL04_020291PF01535.27PPR2142378.8e-115368.0
LXL04_020291PF13041.13PPR_22432694.9e-109357.0
LXL04_020291PF12854.14PPR_12733001.8e-79261.9
LXL04_020291PF13041.13PPR_22743004.9e-109357.0
LXL04_020291PF01535.27PPR2763008.8e-115368.0
LXL04_020291PF13041.13PPR_23043354.9e-109357.0
LXL04_020291PF12854.14PPR_13053321.8e-79261.9
LXL04_020291PF01535.27PPR3073358.8e-115368.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY02拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275059.481%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q56XI1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09410, mitochondrial44.925%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FXB9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial42.980%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M4P3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial44.088%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9S7F4拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151037.629%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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