LXL04_015585 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015585

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 76845639-76852238 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2739 bp · LXL04_015585|LXL04_015585|OH1004|cDNA

ATGTCTCAGGCTAATTGGGAAGCTGATAAAATGTTAGATGTTTATATACACGACTATTTGGTAAAGCGGGATTTGAAAGCCTCTGCTCAGGCATTTCAAGCCGAAGGAAAAGTCTCATCTGACCCTGTTGCTATCGATGCCCCTGGTGGCTTTCTATTTGAATGGTGGTCGGTATTTTGGGACATTTTTATAGCAAGGACTAATGAGAAGCACTCGGAAGTTGCAGCTTCCTATATCGAGACACAGTTGATTAAAgcaag...

CDS

下载 CDS FASTA

2739 bp · LXL04_015585|LXL04_015585|OH1004|CDS

ATGTCTCAGGCTAATTGGGAAGCTGATAAAATGTTAGATGTTTATATACACGACTATTTGGTAAAGCGGGATTTGAAAGCCTCTGCTCAGGCATTTCAAGCCGAAGGAAAAGTCTCATCTGACCCTGTTGCTATCGATGCCCCTGGTGGCTTTCTATTTGAATGGTGGTCGGTATTTTGGGACATTTTTATAGCAAGGACTAATGAGAAGCACTCGGAAGTTGCAGCTTCCTATATCGAGACACAGTTGATTAAAGCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

912 aa · LXL04_015585|LXL04_015585|OH1004|PROTEIN

MSQANWEADKMLDVYIHDYLVKRDLKASAQAFQAEGKVSSDPVAIDAPGGFLFEWWSVFWDIFIARTNEKHSEVAASYIETQLIKAREQQQQQQQQQPQQSPHPQQQQQQQQQQHQQMQMQQLILQRQAQQAQQQQQQQQAQQQHQQQQQQQQQQQQQQQQRRDGAHLLNGTSNGLVGNDPLMRQNPGTANAMATKMYEENLKVPLSRDSLDDAAMKQRYGENVGQLLDPKHASILKSAAAGQPSGQVLHGTSGSMSPQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015585`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015585

位置 Chr03:76845639-76852238 (+)

描述 Similar to LUG: Transcriptional corepressor LEUNIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32551`	花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。	The rotunda2 mutants identify a role for the LEUNIG gene in vegetative leaf morphogenesis.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh165
`At2g32700`	可能作为转录共抑制复合体的亚基，抑制非生物胁迫相关基因的表达。	The Arabidopsis transcription factor LUH/MUM1 is required for extrusion of seed coat mucilage.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172023

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015585 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3466

ath:AT2G32700

ath:AT4G32551

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.920

排名 1 · LXL04_015585 · OH-1004

细胞质0.177

排名 2 · LXL04_015585 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_015585 · OH-1004

线粒体0.017

排名 4 · LXL04_015585 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_015585 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08513.18LisH10-36 aa

PF30097.1LisH_SSDP12-66 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1617-705 aa

PF25391.2WD40_Gbeta620-761 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3621-684 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd621-827 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd622-660 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz623-687 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015585	`PF08513.18`	LisH	10	36	1.2e-06	28.9
LXL04_015585	`PF30097.1`	LisH_SSDP	12	66	1.7e-24	86.6
LXL04_015585	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	617	705	2.3e-15	57.2
LXL04_015585	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	620	761	1.2e-20	74.5
LXL04_015585	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	621	684	1.1e-42	146.6
LXL04_015585	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	621	827	1.7e-17	64.2
LXL04_015585	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	622	660	3.5e-19	69.7
LXL04_015585	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	623	687	5e-27	95.7
LXL04_015585	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	625	690	1.7e-42	146.4
LXL04_015585	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	626	826	1.1e-24	87.9
LXL04_015585	`PF00400.39`	WD40	628	659	1.6e-39	133.4
LXL04_015585	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	630	751	8.1e-24	85.1
LXL04_015585	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	631	747	3.8e-39	135.0
LXL04_015585	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	632	760	9e-52	176.9
LXL04_015585	`PF24814.2`	WD40_Prp19	633	827	1.6e-47	162.6
LXL04_015585	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	633	705	7.8e-37	127.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUY2`	拟南芥	Transcriptional corepressor LEUNIG	73.760%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48847`	拟南芥	Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG	42.750%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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