LXL04_014361 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014361

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 47412629-47413666 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1038 bp · LXL04_014361|LXL04_014361|OH1004|cDNA

ATGGAAGACTTCACTGAGCTGATTCCGGGATTACCGGAAGAAATCGCACTCCAGTGCTTGACTCGGATGCATTACGGCGTTCATGAGGTCGCCTCCCATGTCTGTCAACGGTGGCGCCGCCTCCTCCGTTGCAGAGACTTTTATTACCACCGGAAACAATCTGGGCTCACTCATAAAACGGCTTGTTTTGTTCAATCGCTCCATGTTCCGACCGAACCGTGTGGTAACTCTAAACCGGAGAATCAACCGAAATACGGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_014361|LXL04_014361|OH1004|CDS

ATGGAAGACTTCACTGAGCTGATTCCGGGATTACCGGAAGAAATCGCACTCCAGTGCTTGACTCGGATGCATTACGGCGTTCATGAGGTCGCCTCCCATGTCTGTCAACGGTGGCGCCGCCTCCTCCGTTGCAGAGACTTTTATTACCACCGGAAACAATCTGGGCTCACTCATAAAACGGCTTGTTTTGTTCAATCGCTCCATGTTCCGACCGAACCGTGTGGTAACTCTAAACCGGAGAATCAACCGAAATACGGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_014361|LXL04_014361|OH1004|PROTEIN

MEDFTELIPGLPEEIALQCLTRMHYGVHEVASHVCQRWRRLLRCRDFYYHRKQSGLTHKTACFVQSLHVPTEPCGNSKPENQPKYGLSLFEPDSGIWDQVDPVPKYPDGLPLFCQVASSEGKLVMMGGWNPGSWEPLRDVFSYDFTTRRWTQRVDMPSNRSFFAVGALNGKIYVAGGHDESKNAMKSAWVYDISADEWTELPPMSEERDECEGVFLGSEFWVISGYDTESQGRFKNSAEVLDITTLTWRRVEEAWGVSRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014361`
TK1151 ID	TkA02G435640
OH-1004 ID	LXL04_014361
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.623 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014361

位置 Chr03:47412629-47413666 (+)

描述 Similar to At1g15670: F-box/kelch-repeat protein At1g15670

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15670`	F-盒/Kelch重复蛋白At1g15670。	暂无已核实直接文献
`At2g44130`	F-盒/凯尔奇重复蛋白 At2g44130。	暂无已核实直接文献
`At1g80440`	F-box/kelch重复蛋白At1g80440。	暂无已核实直接文献
`At3g59940`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g16250`	F-盒/肽重复蛋白 At1g16250。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014361 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0080037 negative regulation of cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15670

ath:AT1G16250

ath:AT1G80440

ath:AT2G44130

ath:AT3G59940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.528

排名 1 · LXL04_014361 · OH-1004

细胞核0.428

排名 2 · LXL04_014361 · OH-1004

线粒体0.085

排名 3 · LXL04_014361 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 4 · LXL04_014361 · OH-1004

内质网0.063

排名 5 · LXL04_014361 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC776-264 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX4290-248 aa

PF25210.2Kelch_FKB95103-192 aa

PF01344.32Kelch_1114-157 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin124-286 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1135-253 aa

PF01344.32Kelch_1160-205 aa

PF07646.22Kelch_2164-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014361	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	76	264	5.2e-18	65.9
LXL04_014361	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	90	248	4.1e-12	46.9
LXL04_014361	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	103	192	3.6e-18	66.9
LXL04_014361	`PF01344.32`	Kelch_1	114	157	6.4e-30	103.0
LXL04_014361	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	124	286	5.9e-13	49.2
LXL04_014361	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	135	253	2.2e-10	41.0
LXL04_014361	`PF01344.32`	Kelch_1	160	205	6.4e-30	103.0
LXL04_014361	`PF07646.22`	Kelch_2	164	204	8.2e-11	42.0
LXL04_014361	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	183	258	3.6e-18	66.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMR5`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g15670	36.464%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80582`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At2g44130	38.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8L2`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g80440	33.699%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1Y1`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein SKIP20	36.842%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WW40`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g16250	29.927%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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