LXL04_014113 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014113

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 42234114-42239393 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2730 bp · LXL04_014113|LXL04_014113|OH1004|cDNA

ATGGGTGTTCCGGCGTTTTACAGGTGGTTAGCTGACCGGTACCCTCGATCAATAGCGGACGTCGTGGAGGAAGAAGTAGGCGAGGGGCACGGGGTTGACGTATTAAGGCCGAACCCTAACAACATCGAGTTTGATAATTTGTACTTGGACATGAATGGAATTATTCATCCCTGTTTTCACCCTGAAGGAAAGCCTGCTCCAGCTACATATGATGATGTATTCAAGTCAATATTCGACTACATTGATCATCTCTTCTCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2730 bp · LXL04_014113|LXL04_014113|OH1004|CDS

ATGGGTGTTCCGGCGTTTTACAGGTGGTTAGCTGACCGGTACCCTCGATCAATAGCGGACGTCGTGGAGGAAGAAGTAGGCGAGGGGCACGGGGTTGACGTATTAAGGCCGAACCCTAACAACATCGAGTTTGATAATTTGTACTTGGACATGAATGGAATTATTCATCCCTGTTTTCACCCTGAAGGAAAGCCTGCTCCAGCTACATATGATGATGTATTCAAGTCAATATTCGACTACATTGATCATCTCTTCTCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

909 aa · LXL04_014113|LXL04_014113|OH1004|PROTEIN

MGVPAFYRWLADRYPRSIADVVEEEVGEGHGVDVLRPNPNNIEFDNLYLDMNGIIHPCFHPEGKPAPATYDDVFKSIFDYIDHLFSLVRPRKILYMAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRAAKDAAEAEAEEERLRLEFEAQGAALAPKEKLETSDSNVITPGTQFMSVLSVALQYYIQCRLNHNPGWQYTKVILSDSNVPGEGEHKVMSFIRLQRNLPGFNPNTRHCLYGLDADLIMLALATHEVHFSILREVITLPGQQEKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014113`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014113

位置 Chr03:42234114-42239393 (+)

描述 Similar to XRN4: 5'-3' exoribonuclease 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54490`	具有 5'->3' 核糖核酸外切酶活性。	AtXRN4 degrades mRNA in Arabidopsis and its substrates include selected miRNA targets.2004 · DOI: 10.1016/j.molcel.2004.06.006 A link between mRNA turnover and RNA interference in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1126/science.1101092 ETHYLENE-INSENSITIVE5 encodes a 5'-->3' exoribonuclease required for regulation of the EIN3-targeting F-box proteins EBF1/2.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0605528103 The exoribonuclease XRN4 is a component of the ethylene response pathway in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.046508
`At1g75660`	具有 5'->3' 核糖核酸外切酶活性。	Arabidopsis FIERY1, XRN2, and XRN3 are endogenous RNA silencing suppressors.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.055319 Arabidopsis thaliana XRN2 is required for primary cleavage in the pre-ribosomal RNA.2010 · DOI: 10.1093/nar/gkq172
`UniProt: Q9FQ02`	具有5'->3'外核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014113 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0000967 rRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54490

ath:AT1G75660

ath:AT5G42540

dme:Dmel_CG10354

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.675

排名 1 · LXL04_014113 · OH-1004

细胞核0.363

排名 2 · LXL04_014113 · OH-1004

内质网0.069

排名 3 · LXL04_014113 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_014113 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_014113 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03159.25XRN_N1-249 aa

PF17846.7XRN_M316-417 aa

PF17846.7XRN_M428-711 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014113	`PF03159.25`	XRN_N	1	249	3.2e-99	332.0
LXL04_014113	`PF17846.7`	XRN_M	316	417	2.7e-156	521.7
LXL04_014113	`PF17846.7`	XRN_M	428	711	2.7e-156	521.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FQ04`	拟南芥	5'-3' exoribonuclease 4	65.254%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FQ03`	拟南芥	5'-3' exoribonuclease 3	66.824%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FQ02`	拟南芥	5'-3' exoribonuclease 2	63.194%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情