LXL04_011883 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011883

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 2171048-2172172 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

735 bp · LXL04_011883|LXL04_011883|OH1004|cDNA

ATGGCCGTGGAAATTTTGGAGACTCTGAAAGAATCCATAACCGCATACACCGGACTATCTCCAACGACTTTCTTCACTGTAGTTGCTCTAGGTCTCGCCGTCTACTATGTCATCTCCGGCATGTTCGGTGGCTCCTCCGATCATCATGTACAACCAAGGTCTAGTTCCTTCGAGGAACCTGAACCTCTCCCGCCGCCGGTTCAACTCGGAGAGGTCACTGAGGAGGAGTTGAAGGCGTACGACGGCAACGATCCAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · LXL04_011883|LXL04_011883|OH1004|CDS

ATGGCCGTGGAAATTTTGGAGACTCTGAAAGAATCCATAACCGCATACACCGGACTATCTCCAACGACTTTCTTCACTGTAGTTGCTCTAGGTCTCGCCGTCTACTATGTCATCTCCGGCATGTTCGGTGGCTCCTCCGATCATCATGTACAACCAAGGTCTAGTTCCTTCGAGGAACCTGAACCTCTCCCGCCGCCGGTTCAACTCGGAGAGGTCACTGAGGAGGAGTTGAAGGCGTACGACGGCAACGATCCAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

244 aa · LXL04_011883|LXL04_011883|OH1004|PROTEIN

MAVEILETLKESITAYTGLSPTTFFTVVALGLAVYYVISGMFGGSSDHHVQPRSSSFEEPEPLPPPVQLGEVTEEELKAYDGNDPKKPLLMAIKGQIYDVSQSRMFYGPGGPYALFAGKDASRALAKMSFDEKDLTGDISGLGMFELDALRDWEYKFMSKYAKVGTVKTSEPAPESSTSEPTTTAQPTEPTESSAAQPTEPAESRTAQPSEPEVAADEDHPKVTEDAPSENISTVTTSEANKED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011883`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011883

位置 Chr03:2171048-2172172 (-)

描述 Similar to MSBP1: Membrane steroid-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52240`	MSBP1可以以不同亲和力结合多种类固醇化合物。	暂无已核实直接文献
`At3g48890`	膜类固醇结合蛋白2。	暂无已核实直接文献
`At2g24940`	可能的类固醇结合蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0502600`	结合多种类固醇化合物（通过相似性）。	Differential expression of GS5 regulates grain size in rice.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv058
`Os10g0502500`	可结合多种类固醇化合物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011883 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:1901141 regulation of lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24940

ath:AT3G48890

ath:AT5G52240

dosa:Os10g0502500

dosa:Os10g0502600

osa:4349045

osa:4349046

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.381

排名 1 · LXL04_011883 · OH-1004

细胞质0.308

排名 2 · LXL04_011883 · OH-1004

细胞核0.188

排名 3 · LXL04_011883 · OH-1004

线粒体0.174

排名 4 · LXL04_011883 · OH-1004

过氧化物酶体0.070

排名 5 · LXL04_011883 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00173.34Cyt-b573-166 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011883	`PF00173.34`	Cyt-b5	73	166	1.9e-12	47.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XFM6`	拟南芥	Membrane steroid-binding protein 1	65.217%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2Z4`	拟南芥	Membrane steroid-binding protein 2	72.131%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SK39`	拟南芥	Probable steroid-binding protein 3	51.546%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FVZ7`	水稻	Membrane steroid-binding protein 1	60.088%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FVZ9`	水稻	Membrane steroid-binding protein 2	80.392%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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