LXL04_011175 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011175

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 159358905-159359282 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

378 bp · LXL04_011175|LXL04_011175|OH1004|cDNA

ATGTCGTCTTACATTCTATCATTTTTCAACCGTTTGTTAGTGGCAATTGATTTCTTGATCAACTATGTCTTACTCCACCATCGTAGCATGCTCCACCTGCCGGAAAATGAAGAGGCGGAGTGTGCCATTTGCTTGAGCAAGATTGAAGATGACGATGAGATTTGGGAATTAAGGTGTGATCATCTCTTTCACAAAAACTGCTTGGATACGTGGATCTCATGTAAACATACAACTTCAACGTGCCCTTTATGCCGTGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

378 bp · LXL04_011175|LXL04_011175|OH1004|CDS

ATGTCGTCTTACATTCTATCATTTTTCAACCGTTTGTTAGTGGCAATTGATTTCTTGATCAACTATGTCTTACTCCACCATCGTAGCATGCTCCACCTGCCGGAAAATGAAGAGGCGGAGTGTGCCATTTGCTTGAGCAAGATTGAAGATGACGATGAGATTTGGGAATTAAGGTGTGATCATCTCTTTCACAAAAACTGCTTGGATACGTGGATCTCATGTAAACATACAACTTCAACGTGCCCTTTATGCCGTGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

125 aa · LXL04_011175|LXL04_011175|OH1004|PROTEIN

MSSYILSFFNRLLVAIDFLINYVLLHHRSMLHLPENEEAECAICLSKIEDDDEIWELRCDHLFHKNCLDTWISCKHTTSTCPLCRDNLVVPPKIDGVCEMGNQDVLFYDFCGTDSSEDEGRWWVR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011175`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011175

位置 Chr02:159358905-159359282 (+)

描述 Similar to XERICO: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g04240`	在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。	Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At4g09120`	推测的 RING-H2 指蛋白 ATL36。	暂无已核实直接文献
`At1g22500`	E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。	暂无已核实直接文献
`At5g57750`	推定 RING-H2 指蛋白 ATL50。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011175 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22500

ath:AT2G04240

ath:AT3G05200

ath:AT4G09120

ath:AT5G57750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.378

排名 1 · LXL04_011175 · OH-1004

细胞核0.352

排名 2 · LXL04_011175 · OH-1004

内质网0.169

排名 3 · LXL04_011175 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 4 · LXL04_011175 · OH-1004

溶酶体／液泡0.109

排名 5 · LXL04_011175 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_240-85 aa

PF17123.12zf-RING_1140-68 aa

PF14634.13zf-RING_540-85 aa

PF00097.32zf-C3HC441-84 aa

PF12861.14zf-ANAPC1151-89 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011175	`PF13639.13`	zf-RING_2	40	85	2.9e-12	47.4
LXL04_011175	`PF17123.12`	zf-RING_11	40	68	8.3e-10	38.9
LXL04_011175	`PF14634.13`	zf-RING_5	40	85	1.8e-06	28.6
LXL04_011175	`PF00097.32`	zf-C3HC4	41	84	3.8e-08	33.8
LXL04_011175	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	51	89	2.2e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SI09`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO	46.377%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RXX9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0R5`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL36	51.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK92`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL15	43.860%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FHG8`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL50	43.662%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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