LXL04_009667 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009667

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 130930850-130934256 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3039 bp · LXL04_009667|LXL04_009667|OH1004|cDNA

ATGCCTGCAAATCGCAGCGGTAGTTACAGTGGTGGCCTTGTTGATCCCAGCAATCTCCATCTGAAAAAGGAGTTAACTCAGATTAGGAAAGCTGCTCGTACTTTACGAGATCGCGGTACGACTTCCTCCTGGCGGTCTCCGCTCAGCTCATCCAGATCCACCACTGCCGTCGCTATAGCAGCTTCCATCACCACTACCCCAAGCAACCATTATAATCACCACTACAGTTACAGTGTAGAAGAGAATAATGTTAACGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3039 bp · LXL04_009667|LXL04_009667|OH1004|CDS

ATGCCTGCAAATCGCAGCGGTAGTTACAGTGGTGGCCTTGTTGATCCCAGCAATCTCCATCTGAAAAAGGAGTTAACTCAGATTAGGAAAGCTGCTCGTACTTTACGAGATCGCGGTACGACTTCCTCCTGGCGGTCTCCGCTCAGCTCATCCAGATCCACCACTGCCGTCGCTATAGCAGCTTCCATCACCACTACCCCAAGCAACCATTATAATCACCACTACAGTTACAGTGTAGAAGAGAATAATGTTAACGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1012 aa · LXL04_009667|LXL04_009667|OH1004|PROTEIN

MPANRSGSYSGGLVDPSNLHLKKELTQIRKAARTLRDRGTTSSWRSPLSSSRSTTAVAIAASITTTPSNHYNHHYSYSVEENNVNEISNNVSGSSNNHNTSRRKEKKVFLYNWKTQRSESERSASVENTRRLNLNGDGDDSLSDARNDRDLNNVDNRYALSSSSKMFSNCKGATSLMKKKPHSSSSALKLGQQRHLILPDQYDEVNSDDMVIKSSKLLRGGSRKDDSSYCYSTTPALSTSSFSKYWIRNPSTVGSWDAGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009667`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009667

位置 Chr02:130930850-130934256 (+)

描述 Similar to At1g14460: Protein STICHEL-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14460`	类STICHEL蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At2g02480`	通过一种与内重复无关的途径，作为毛状体分枝的关键调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g45720`	类 STICHEL 蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At4g24790`	STICHEL样蛋白2。	暂无已核实直接文献
`At4g18820`	STICHEL样蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009667 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009360 DNA polymerase III complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14460

ath:AT2G02480

ath:AT4G24790

ath:AT5G45720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.444

排名 1 · LXL04_009667 · OH-1004

细胞质0.285

排名 2 · LXL04_009667 · OH-1004

细胞膜0.241

排名 3 · LXL04_009667 · OH-1004

质体0.080

排名 4 · LXL04_009667 · OH-1004

内质网0.062

排名 5 · LXL04_009667 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13177.13DNA_pol3_delta2414-571 aa

PF00004.36AAA435-570 aa

PF22608.3DNAX_ATPase_lid577-618 aa

PF12169.14DNA_pol3_gamma3627-709 aa

PF23007.2DnaA_N-like_STI778-858 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009667	`PF13177.13`	DNA_pol3_delta2	414	571	6.9e-24	85.4
LXL04_009667	`PF00004.36`	AAA	435	570	1.6e-08	35.8
LXL04_009667	`PF22608.3`	DNAX_ATPase_lid	577	618	1.4e-08	35.1
LXL04_009667	`PF12169.14`	DNA_pol3_gamma3	627	709	6.5e-08	33.2
LXL04_009667	`PF23007.2`	DnaA_N-like_STI	778	858	3.8e-29	101.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HW65`	拟南芥	Protein STICHEL-like 1	46.387%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64728`	拟南芥	Protein STICHEL	61.121%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KEM0`	拟南芥	Protein STICHEL-like 4	36.258%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JRP8`	拟南芥	Protein STICHEL-like 2	41.785%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JRP0`	拟南芥	Protein STICHEL-like 3	39.627%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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