LXL04_009094 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009094

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 117865414-117868416 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1383 bp · LXL04_009094|LXL04_009094|OH1004|cDNA

ATGATCGACGTGAGGACGATGGTGAAAGAGAGggggaagaagaagatggtggTGTCGCTGCTAATCCGTGGGATGATTCGGGGATCAACAACTGacggttcaaatgagaacaaattaTCAAAACAAGAACGCGAGAACAATCAGCCCTTAGCCCAACAAGAAAGTGAACAACCACCTACCGGAGTCACCGCACCACCGTCTGAACCAACGCACCACCGCGGCTGGTACCGTCGGTGCCGGAACCACTGTCGCCGGAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · LXL04_009094|LXL04_009094|OH1004|CDS

ATGATCGACGTGAGGACGATGGTGAAAGAGAGGGGGAAGAAGAAGATGGTGGTGTCGCTGCTAATCCGTGGGATGATTCGGGGATCAACAACTGACGGTTCAAATGAGAACAAATTATCAAAACAAGAACGCGAGAACAATCAGCCCTTAGCCCAACAAGAAAGTGAACAACCACCTACCGGAGTCACCGCACCACCGTCTGAACCAACGCACCACCGCGGCTGGTACCGTCGGTGCCGGAACCACTGTCGCCGGAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · LXL04_009094|LXL04_009094|OH1004|PROTEIN

MIDVRTMVKERGKKKMVVSLLIRGMIRGSTTDGSNENKLSKQERENNQPLAQQESEQPPTGVTAPPSEPTHHRGWYRRCRNHCRRNHQIDASSLWRYMFSSMLGSSATTEVILDGGKNNALQLMQAEIQLISPSVPARVMKFFRFSRQQAEGVWAVVDLSFDVFDKMSRRTMMKCAFAETSERVILPRGQHERKKEIDFSRDVCVSYLGVFLVRLFITAFLDVALFFLWLFVGLGVVICSFVLLSKSFCLLVVIQVPGLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009094`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009094

位置 Chr02:117865414-117868416 (-)

描述 Similar to HDG1: Homeobox-leucine zipper protein HDG1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61150`	可能的转录因子（通过同源推测）。	CFL1, a WW domain protein, regulates cuticle development by modulating the function of HDG1, a class IV homeodomain transcription factor, in rice and Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088625 Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
`At4g00730`	可能的转录因子参与花青素的组织特异性积累的调节和初生根的细胞组织。	ANTHOCYANINLESS2, a homeobox gene affecting anthocyanin distribution and root development in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.7.1217

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0569100`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A3BPF2`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YR02`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043481 anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G61150

ath:AT4G00730

dosa:Os04g0569100

dosa:Os08g0136100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.378

排名 1 · LXL04_009094 · OH-1004

细胞核0.370

排名 2 · LXL04_009094 · OH-1004

细胞膜0.172

排名 3 · LXL04_009094 · OH-1004

内质网0.131

排名 4 · LXL04_009094 · OH-1004

线粒体0.106

排名 5 · LXL04_009094 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01852.26START94-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009094	`PF01852.26`	START	94	167	1e-05	25.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2E8`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein HDG1	56.164%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WV12`	拟南芥	Homeobox-leucine zipper protein ANTHOCYANINLESS 2	51.351%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7Y0V9`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein ROC4	51.282%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A3BPF2`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein ROC7	47.887%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2YR02`	水稻	Homeobox-leucine zipper protein ROC7	47.887%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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