LXL04_008519 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008519

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 101703645-101706310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1338 bp · LXL04_008519|LXL04_008519|OH1004|cDNA

aTGAGAAAAGGAGCTAATGTTGTGGAGCCCACTTTTCGTGTAACACGAGCTCGTGCTGCTGCTTGCAAGAATTCAGAAGCACCAAAAGACCAGGGGCAAGATCGTCCTTTGCGTAAAAATCCTAAAAGATCCGTGCAAGTTGACACAAACAACACTACTAACAAGAGGAGAGCAGTTCTTAAAGATGTCACAAACATTTGTTGTGATAATTCCTACAAAAACTGCAtaattccagccaaaattccGAAAAAGACTAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · LXL04_008519|LXL04_008519|OH1004|CDS

ATGAGAAAAGGAGCTAATGTTGTGGAGCCCACTTTTCGTGTAACACGAGCTCGTGCTGCTGCTTGCAAGAATTCAGAAGCACCAAAAGACCAGGGGCAAGATCGTCCTTTGCGTAAAAATCCTAAAAGATCCGTGCAAGTTGACACAAACAACACTACTAACAAGAGGAGAGCAGTTCTTAAAGATGTCACAAACATTTGTTGTGATAATTCCTACAAAAACTGCATAATTCCAGCCAAAATTCCGAAAAAGACTAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

445 aa · LXL04_008519|LXL04_008519|OH1004|PROTEIN

MRKGANVVEPTFRVTRARAAACKNSEAPKDQGQDRPLRKNPKRSVQVDTNNTTNKRRAVLKDVTNICCDNSYKNCIIPAKIPKKTSKISKKNPIKPDHVSAQTQTIAVDHIVDLDKTVIHQKSIQPVEKESADQIGKRVGSQFQKFSKKGRNNIPEKTMEASNKVDFKDIDTDEKDPQMCSFYALEIYNNLRASELVRRPHSDFMEKVQRDVTQSMRGVLVDWLVEVSEEYKLVADTLYLTVYLIDLFLSQHYIERQKLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008519`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008519

位置 Chr02:101703645-101706310 (-)

描述 Similar to CYCA2-1: Cyclin-A2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80370`	细胞周期蛋白A2-4。	暂无已核实直接文献
`At1g15570`	负向调控内循环，并作为内复制中的倍性水平调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g25380`	可能负向调控内循环，并作为内倍体复制中倍性水平的调节因子。	暂无已核实直接文献
`At5g11300`	细胞周期蛋白A2-2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0502300`	细胞周期蛋白A2-1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008519 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0010389 regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0044839 cell cycle G2/M phase transition 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:2000123 positive regulation of stomatal complex development 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15570

ath:AT1G80370

ath:AT5G11300

ath:AT5G25380

dosa:Os12g0502300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.786

排名 1 · LXL04_008519 · OH-1004

细胞质0.261

排名 2 · LXL04_008519 · OH-1004

线粒体0.051

排名 3 · LXL04_008519 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 4 · LXL04_008519 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_008519 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00134.29Cyclin_N186-311 aa

PF02984.25Cyclin_C315-437 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008519	`PF00134.29`	Cyclin_N	186	311	6.3e-44	149.5
LXL04_008519	`PF02984.25`	Cyclin_C	315	437	9.1e-36	123.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C968`	拟南芥	Cyclin-A2-4	52.466%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38819`	拟南芥	Cyclin-A2-3	50.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39071`	拟南芥	Cyclin-A2-1	51.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q147G5`	拟南芥	Cyclin-A2-2	47.545%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QQ96`	水稻	Cyclin-A2-1	52.401%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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