RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005553
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 168343520-168345358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1839 bp · LXL04_005553|LXL04_005553|OH1004|cDNA

ATGTCACGAAGAAACATAAATCTCGTTTCTCAAATCCGTCGTCGTCATATCTTCTCCTACGCCTCAAGATTCCATTATCATCATAAGCTCTCGCCAATTGTAAGTTCATCACTACCTCTGTCTCATAGCTATTTCAGTGCTCCCATCCCGAATTCGTCGAAAAAATTGTTTAAAGTTAGTGTCTTTCCACTTCCGAATTCCTTTCCACAAACGAGTAAGGGCAATTTGACATCGATTCACTATTATAGTGAAGGCGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · LXL04_005553|LXL04_005553|OH1004|CDS

ATGTCACGAAGAAACATAAATCTCGTTTCTCAAATCCGTCGTCGTCATATCTTCTCCTACGCCTCAAGATTCCATTATCATCATAAGCTCTCGCCAATTGTAAGTTCATCACTACCTCTGTCTCATAGCTATTTCAGTGCTCCCATCCCGAATTCGTCGAAAAAATTGTTTAAAGTTAGTGTCTTTCCACTTCCGAATTCCTTTCCACAAACGAGTAAGGGCAATTTGACATCGATTCACTATTATAGTGAAGGCGGTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

612 aa · LXL04_005553|LXL04_005553|OH1004|PROTEIN

MSRRNINLVSQIRRRHIFSYASRFHYHHKLSPIVSSSLPLSHSYFSAPIPNSSKKLFKVSVFPLPNSFPQTSKGNLTSIHYYSEGGNDAFDRTPGGQISTLSNDGELYEKVGDSGSDAIALDKKPNPCVPFSINGQNLYNIIIDCKPNNPQNSNMEKSLDQTGVQLTTPLVMEVLGSLRYQETLAFRFFTWAGNQENYTHEPQAYNEMIDILSNTKYKAKQYRIVCDLLDYMKRNNKTRVPIESLLKILKQYADKHLAHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005553
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005553
位置Chr01:168343520-168345358 (-)
描述Similar to At1g73400: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g73400, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g73400 含五重复肽序列蛋白At1g73400，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g62470 含五肽重复的蛋白 At3g62470，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g62540 含五聚体重复蛋白 At3g62540，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g14820 含五肽重复序列的蛋白At5g14820，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g77360 含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73400
ath:AT1G77360
ath:AT3G62470
ath:AT3G62540
ath:AT5G14820
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.699
排名 1 · LXL04_005553 · OH-1004
质体0.176
排名 2 · LXL04_005553 · OH-1004
细胞核0.087
排名 3 · LXL04_005553 · OH-1004
细胞质0.032
排名 4 · LXL04_005553 · OH-1004
细胞膜0.011
排名 5 · LXL04_005553 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2277-324 aa
PF12854.14PPR_1308-338 aa
PF13812.13PPR_3308-357 aa
PF13041.13PPR_2310-359 aa
PF12854.14PPR_1342-374 aa
PF13041.13PPR_2346-397 aa
PF01535.27PPR348-377 aa
PF17177.11PPR_long381-449 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005553PF13041.13PPR_22773241.5e-63211.4
LXL04_005553PF12854.14PPR_13083381e-48163.5
LXL04_005553PF13812.13PPR_33083574.2e-2897.9
LXL04_005553PF13041.13PPR_23103591.5e-63211.4
LXL04_005553PF12854.14PPR_13423741e-48163.5
LXL04_005553PF13041.13PPR_23463971.5e-63211.4
LXL04_005553PF01535.27PPR3483771.9e-40135.0
LXL04_005553PF17177.11PPR_long3814496.8e-1762.3
LXL04_005553PF12854.14PPR_13824111e-48163.5
LXL04_005553PF13041.13PPR_23834311.5e-63211.4
LXL04_005553PF01535.27PPR3874161.9e-40135.0
LXL04_005553PF23276.3TPR_243884817e-1968.8
LXL04_005553PF13812.13PPR_34064674.2e-2897.9
LXL04_005553PF12854.14PPR_14154471e-48163.5
LXL04_005553PF13041.13PPR_24224671.5e-63211.4
LXL04_005553PF17177.11PPR_long4365186.8e-1762.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FX35拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g73400, mitochondrial60.131%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LZP3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62470, mitochondrial28.196%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q3EAF8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62540, mitochondrial27.846%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LEQ7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14820, mitochondrial29.278%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FVX2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial29.877%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看