LXL04_005516 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005516

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 166391807-166394461 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1146 bp · LXL04_005516|LXL04_005516|OH1004|cDNA

ATGGAGGACGTGCGCAGATCCACCATCTTCTTCACCGAGCAACACCTATCCTACGCCGATATCCTTACACCTCTTGAGGTCCGAGCTAGAATCGAAATAGCAGTCCTGAATTTCCTCAAGGATTTGAACTCTCCAACTCCAGCCATCTCAAACCTCCCTATGATCAACCGTAAATCAAGTAACAGCCGAGTGAATCAGAGTCTATTAACTGACGTTTCGTGGATCTTCCTGTCACGTTCATTCTGCACAAAATCATTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_005516|LXL04_005516|OH1004|CDS

ATGGAGGACGTGCGCAGATCCACCATCTTCTTCACCGAGCAACACCTATCCTACGCCGATATCCTTACACCTCTTGAGGTCCGAGCTAGAATCGAAATAGCAGTCCTGAATTTCCTCAAGGATTTGAACTCTCCAACTCCAGCCATCTCAAACCTCCCTATGATCAACCGTAAATCAAGTAACAGCCGAGTGAATCAGAGTCTATTAACTGACGTTTCGTGGATCTTCCTGTCACGTTCATTCTGCACAAAATCATTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_005516|LXL04_005516|OH1004|PROTEIN

MEDVRRSTIFFTEQHLSYADILTPLEVRARIEIAVLNFLKDLNSPTPAISNLPMINRKSSNSRVNQSLLTDVSWIFLSRSFCTKSLTRENSAKAFIRVWKVMEMCYGILLLEKRVTQRELFYKLLCSSPDYFTSQLQVNQTIQDVVALLRCSRFSLGIMASSRGIIAGRLLLQEPGEETVDCTKCGSSGYAISGDLNLLEKLVMKTDANYIIVIEKHAIFQRLAEDKVFNQIPCILITAKGYPDLATRFLLHRMSRAFPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005516`
TK1151 ID	TkA01G038440
OH-1004 ID	LXL04_005516
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005516

位置 Chr01:166391807-166394461 (+)

描述 Similar to SPO11-2: Meiotic recombination protein SPO11-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63990`	减数分裂重组特别需要的拓扑异构酶 6 复合物的组成部分。	Arabidopsis SPO11-2 functions with SPO11-1 in meiotic recombination.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02867.x The catalytically active tyrosine residues of both SPO11-1 and SPO11-2 are required for meiotic double-strand break induction in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054817 A high throughput genetic screen identifies new early meiotic recombination functions in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000654 A DNA topoisomerase VI-like complex initiates meiotic recombination.2016 · DOI: 10.1126/science.aad5196

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q5ZPI9`	需要进行减数分裂重组。	暂无已核实直接文献
`Os08g0156900`	需要进行减数分裂重组。	暂无已核实直接文献
`Os03g0284800`	DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XFC1`	DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005516 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000706 meiotic DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0000228 nuclear chromosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63990

dosa:Os03g0284800

dosa:Os08g0156900

osa:4332468

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.496

排名 1 · LXL04_005516 · OH-1004

细胞质0.450

排名 2 · LXL04_005516 · OH-1004

线粒体0.083

排名 3 · LXL04_005516 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_005516 · OH-1004

内质网0.045

排名 5 · LXL04_005516 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04406.20TP6A_N94-158 aa

PF21180.4TOP6A-Spo11_Toprim210-375 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005516	`PF04406.20`	TP6A_N	94	158	1e-14	54.8
LXL04_005516	`PF21180.4`	TOP6A-Spo11_Toprim	210	375	2.7e-41	142.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M4A1`	拟南芥	Meiotic recombination protein SPO11-2	73.067%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ZPI9`	水稻	Meiotic recombination protein SPO11-2	65.526%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZD95`	水稻	Meiotic recombination protein SPO11-2	65.263%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DSV9`	水稻	Topoisomerase 6 subunit A3	34.451%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XFC1`	水稻	DNA topoisomerase 6 subunit A3	34.451%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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