LXL04_005011 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005011

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 152947671-152954930 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2691 bp · LXL04_005011|LXL04_005011|OH1004|cDNA

ATGTCTATAATCGCTGTATCAAAACCCCATGTATTGAAACACAGCTTCTTCTCTAATCTCGCAAGAATTTCCAATTCACAGCATCAAGGTCTCTACTTTTTCTGTTCATCGACTTCTTCAAATGAACCCACAAATGAAGAAATCCCGAAACCGGAAACTCCAGATTCGTCCACCGAACCACATCCTGAGAAACCGGTCTCGACCATTGAAGCACAACCAGGGACGATCCAGAATCGCGAACCCAGACTCCCACGAGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2691 bp · LXL04_005011|LXL04_005011|OH1004|CDS

ATGTCTATAATCGCTGTATCAAAACCCCATGTATTGAAACACAGCTTCTTCTCTAATCTCGCAAGAATTTCCAATTCACAGCATCAAGGTCTCTACTTTTTCTGTTCATCGACTTCTTCAAATGAACCCACAAATGAAGAAATCCCGAAACCGGAAACTCCAGATTCGTCCACCGAACCACATCCTGAGAAACCGGTCTCGACCATTGAAGCACAACCAGGGACGATCCAGAATCGCGAACCCAGACTCCCACGAGGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

896 aa · LXL04_005011|LXL04_005011|OH1004|PROTEIN

MSIIAVSKPHVLKHSFFSNLARISNSQHQGLYFFCSSTSSNEPTNEEIPKPETPDSSTEPHPEKPVSTIEAQPGTIQNREPRLPRGKHRNPEKIEDIICRMMANRAWTTRLQNSIRTLVPAFDHNLVYNVLHSARHPDHALQFFRWVERSGLFKHDRETHYKIIDILGKASKLNHARLILLDMPKKGLKWDEDLFVVLIDSYGKAGIVQESVKIFRSMEELGVPRTIKSYDTLFKVIMRRGRYMMAKRYFNKMLSEDIIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005011`
TK1151 ID	TkA01G085470
OH-1004 ID	LXL04_005011
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.980 / OH-1004 77.679 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005011

位置 Chr01:152947671-152954930 (-)

描述 Similar to At2g37230: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37230

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37230`	大核糖体亚基蛋白mL102（rPPR5）。	暂无已核实直接文献
`At1g02060`	含五十二肽重复序列的蛋白At1g02060，叶绿体内。	暂无已核实直接文献
`At1g05670`	含五重复序列蛋白 At1g05670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g65560`	含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。	暂无已核实直接文献
`At2g02150`	推定含五聚重复序列蛋白 At2g02150。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005011 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02060

ath:AT1G05670

ath:AT2G37230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.850

排名 1 · LXL04_005011 · OH-1004

质体0.096

排名 2 · LXL04_005011 · OH-1004

细胞核0.061

排名 3 · LXL04_005011 · OH-1004

细胞质0.039

排名 4 · LXL04_005011 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 5 · LXL04_005011 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N161-321 aa

PF13812.13PPR_3213-269 aa

PF13041.13PPR_2227-272 aa

PF13041.13PPR_2264-307 aa

PF17177.11PPR_long278-374 aa

PF13812.13PPR_3284-343 aa

PF29070.1MSC6_N289-392 aa

PF12854.14PPR_1292-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005011	`PF29070.1`	MSC6_N	161	321	3.5e-16	60.0
LXL04_005011	`PF13812.13`	PPR_3	213	269	1.4e-33	115.5
LXL04_005011	`PF13041.13`	PPR_2	227	272	2.2e-73	242.9
LXL04_005011	`PF13041.13`	PPR_2	264	307	2.2e-73	242.9
LXL04_005011	`PF17177.11`	PPR_long	278	374	9.8e-19	68.3
LXL04_005011	`PF13812.13`	PPR_3	284	343	1.4e-33	115.5
LXL04_005011	`PF29070.1`	MSC6_N	289	392	3.5e-16	60.0
LXL04_005011	`PF12854.14`	PPR_1	292	324	4.8e-46	154.9
LXL04_005011	`PF13041.13`	PPR_2	295	343	2.2e-73	242.9
LXL04_005011	`PF01535.27`	PPR	298	328	3.8e-56	184.2
LXL04_005011	`PF12854.14`	PPR_1	326	359	4.8e-46	154.9
LXL04_005011	`PF13041.13`	PPR_2	330	378	2.2e-73	242.9
LXL04_005011	`PF01535.27`	PPR	333	362	3.8e-56	184.2
LXL04_005011	`PF17177.11`	PPR_long	348	478	9.8e-19	68.3
LXL04_005011	`PF12854.14`	PPR_1	362	394	4.8e-46	154.9
LXL04_005011	`PF13041.13`	PPR_2	409	445	2.2e-73	242.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUU3`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein mL102 (rPPR5)	58.136%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81908`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02060, chloroplastic	30.948%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WVK7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial	24.236%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LSL9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560	22.404%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C894`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02150	24.572%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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