LXL04_004891 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004891

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149684956-149686596 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1641 bp · LXL04_004891|LXL04_004891|OH1004|cDNA

ATGGTGATTTCCTCTGCTTTCAAATTCAATCTCTTCCTCATCATCACCTCCTGCGCAACCTCCTACGGCGATTCCGCCATAACCACCACCTGCACCGCCATCCACCAGCAAAATTCCCCCACCGCCAAGTGTAATTACGTAAAAACAAACCCCGGATGTGACCCAAAAGGATACATcaattacctacaaatcttctactGTAATTTCTCCCAGTTTCCTCAACTGGGTTTCGTTCTGTTTCTTCTATGGCTCGTTGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · LXL04_004891|LXL04_004891|OH1004|CDS

ATGGTGATTTCCTCTGCTTTCAAATTCAATCTCTTCCTCATCATCACCTCCTGCGCAACCTCCTACGGCGATTCCGCCATAACCACCACCTGCACCGCCATCCACCAGCAAAATTCCCCCACCGCCAAGTGTAATTACGTAAAAACAAACCCCGGATGTGACCCAAAAGGATACATCAATTACCTACAAATCTTCTACTGTAATTTCTCCCAGTTTCCTCAACTGGGTTTCGTTCTGTTTCTTCTATGGCTCGTTGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

546 aa · LXL04_004891|LXL04_004891|OH1004|PROTEIN

MVISSAFKFNLFLIITSCATSYGDSAITTTCTAIHQQNSPTAKCNYVKTNPGCDPKGYINYLQIFYCNFSQFPQLGFVLFLLWLVVLFYILSNTASEYFCPAVEHLSKTLNLSPAIAGTTLLPLGNGSTDVFSSIIAFTGTTDGGDIGLNSILGGAIFVSTVVVGVLSLLITYHRKIVTVDKPNFIRDVVFLLFTLSNLLIIITVGKITIWASLLFVSTYIIYILLVCYMHFHTTKTQKKIIDPNDDDYQTTTAPLLGSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004891`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004891

位置 Chr01:149684956-149686596 (+)

描述 Similar to CCX1: Cation/calcium exchanger 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17860`	液泡膜定位的 H⁺-依赖 K(+) 和 Na(+) 转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g14070`	可能作为定位于内膜系统的 H⁺ 依赖性 K⁺ 和 Na⁺ 转运蛋白。	AtCCX3 is an Arabidopsis endomembrane H+ -dependent K+ transporter.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.118810
`At1g54115`	膜定位的 H⁺-依赖 K(+) 和 Na(+) 转运蛋白。	AtCCX3 is an Arabidopsis endomembrane H+ -dependent K+ transporter.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.118810
`At5g17850`	膜定位的 H⁺-依赖 K(+) 和 Na(+) 转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006851 mitochondrial calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程

GO:0035725 sodium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0042593 glucose homeostasis 生物过程

GO:0043157 response to cation stress 生物过程

GO:0051480 regulation of cytosolic calcium ion concentration 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54115

ath:AT3G14070

ath:AT5G17850

ath:AT5G17860

mmu:170756

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.564

排名 1 · LXL04_004891 · OH-1004

溶酶体／液泡0.226

排名 2 · LXL04_004891 · OH-1004

内质网0.119

排名 3 · LXL04_004891 · OH-1004

细胞质0.090

排名 4 · LXL04_004891 · OH-1004

高尔基体0.048

排名 5 · LXL04_004891 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01699.30Na_Ca_ex81-228 aa

PF01699.30Na_Ca_ex379-531 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004891	`PF01699.30`	Na_Ca_ex	81	228	1.4e-51	175.1
LXL04_004891	`PF01699.30`	Na_Ca_ex	379	531	1.4e-51	175.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKP1`	拟南芥	Cation/calcium exchanger 1	48.008%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LJI2`	拟南芥	Cation/calcium exchanger 3	41.547%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SYG9`	拟南芥	Cation/calcium exchanger 4	41.935%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKP2`	拟南芥	Cation/calcium exchanger 2	42.471%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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