LXL04_002409 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002409

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 48021140-48026313 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2802 bp · LXL04_002409|LXL04_002409|OH1004|cDNA

ATGGTTCCTGATTCTTTTTTACAAATTGCTAAAAAAAGGGCGAGAGTGATTCCTGAAGATCCGATGATGGATACACGAACAGGCTTCTCTGATTCAACCGATATAATAAGCGGAAGCAGCGGTGTATCAAGTGCACCCGCCAACACTGAATTTGAACCTCCCCTTCTTCTTTCCGACGTTTCCGCCCTCGATCGTCTATCGGAAACCCTAGAATCTCTCTTACTAGAACCCGCAAATTCATTCGCTGACGCCAAAATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2802 bp · LXL04_002409|LXL04_002409|OH1004|CDS

ATGGTTCCTGATTCTTTTTTACAAATTGCTAAAAAAAGGGCGAGAGTGATTCCTGAAGATCCGATGATGGATACACGAACAGGCTTCTCTGATTCAACCGATATAATAAGCGGAAGCAGCGGTGTATCAAGTGCACCCGCCAACACTGAATTTGAACCTCCCCTTCTTCTTTCCGACGTTTCCGCCCTCGATCGTCTATCGGAAACCCTAGAATCTCTCTTACTAGAACCCGCAAATTCATTCGCTGACGCCAAAATTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

933 aa · LXL04_002409|LXL04_002409|OH1004|PROTEIN

MVPDSFLQIAKKRARVIPEDPMMDTRTGFSDSTDIISGSSGVSSAPANTEFEPPLLLSDVSALDRLSETLESLLLEPANSFADAKIILSGGREIPVHRCILSGRSPFFKNKFGDSTNKDRNRNVKLQMKEIASDYEIGFESLISVLKYMYSGKINGLPKDACTCVDEECSHEACRPAIDFMVEVMYAFHIFQIPEMVALWQTRIHNILDKASADDILLIVSVANTCGKSSEQLLSKSIDILVNSNVDFVTLDKALPEQIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002409`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002409

位置 Chr01:48021140-48026313 (+)

描述 Similar to NPR1: BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64280`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	Arabidopsis signal transduction mutant defective in chemically and biologically induced disease resistance.1995 · DOI: 10.1073/pnas.92.14.6602 NPR1 modulates cross-talk between salicylate- and jasmonate-dependent defense pathways through a novel function in the cytosol.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009159 Salicylic acid and NPR1 induce the recruitment of trans-activating TGA factors to a defense gene promoter in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012211 The Arabidopsis NPR1 disease resistance protein is a novel cofactor that confers redox regulation of DNA binding activity to the basic domain/leucine zipper transcription factor TGA1.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012849 NPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants.2012 · DOI: 10.1038/nature11162 Structural basis of salicylic acid perception by Arabidopsis NPR proteins.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2596-y Structural basis of NPR1 in activating plant immunity.2022 · DOI: 10.1038/s41586-022-04699-w Characterization of a salicylic acid-insensitive mutant (sai1) of Arabidopsis thaliana, identified in a selective screen utilizing the SA-inducible expression of the tms2 gene.1997 · DOI: 10.1094/mpmi.1997.10.1.69 The Arabidopsis NPR1 gene that controls systemic acquired resistance encodes a novel protein containing ankyrin repeats.1997 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)81858-9
`At4g26120`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0194300`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	Functional analysis of rice NPR1-like genes reveals that OsNPR1/NH1 is the rice orthologue conferring disease resistance with enhanced herbivore susceptibility.2007 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2007.00243.x Role of OsNPR1 in rice defense program as revealed by genome-wide expression analysis.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9695-3 A rice transient assay system identifies a novel domain in NRR required for interaction with NH1/OsNPR1 and inhibition of NH1-mediated transcriptional activation.2012 · DOI: 10.1186/1746-4811-8-6 OsNPR1 negatively regulates herbivore-induced JA and ethylene signaling and plant resistance to a chewing herbivore in rice.2013 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2012.01666.x
`UniProt: Q5D0W8`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002409 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64280

ath:AT4G26120

dosa:Os01g0194300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.766

排名 1 · LXL04_002409 · OH-1004

细胞质0.247

排名 2 · LXL04_002409 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 3 · LXL04_002409 · OH-1004

线粒体0.033

排名 4 · LXL04_002409 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_002409 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00651.38BTB79-155 aa

PF11900.15DUF3420245-289 aa

PF12796.14Ank_2289-373 aa

PF12313.14NPR1_like_C388-542 aa

PF03101.22FAR1639-724 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002409	`PF00651.38`	BTB	79	155	3.9e-10	40.6
LXL04_002409	`PF11900.15`	DUF3420	245	289	8e-08	33.0
LXL04_002409	`PF12796.14`	Ank_2	289	373	1.8e-07	32.3
LXL04_002409	`PF12313.14`	NPR1_like_C	388	542	9e-68	228.6
LXL04_002409	`PF03101.22`	FAR1	639	724	5.1e-14	53.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93002`	拟南芥	Regulatory protein NPR1	50.568%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZI3`	拟南芥	Regulatory protein NPR2	47.203%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FDY4`	水稻	BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR1	52.583%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5D0W8`	水稻	BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR1	55.020%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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