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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002289
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 45344848-45349155 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3111 bp · LXL04_002289|LXL04_002289|OH1004|cDNA

ATGAAAGCTCCGTCAAATGGATATCAACCTAGTTCCGGCGAAGGTACACGGAAGATGATGAACTCAGAGTTATGGCACGCGTGTGCCGGCCCCTTAGTCTCTTTACCTCCTATAGGAAGCCTCGTGGTCTACTTTCCACAAGGTCACAGCGAGCAAGTCGCCGCATCCATGAAGAAAGATACAGAAAACATCCCAAGTTACCCCAATCTTCCCTCCAAACTCATCTGCATGCTTCATAATGTCGCATTACATGCTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3111 bp · LXL04_002289|LXL04_002289|OH1004|CDS

ATGAAAGCTCCGTCAAATGGATATCAACCTAGTTCCGGCGAAGGTACACGGAAGATGATGAACTCAGAGTTATGGCACGCGTGTGCCGGCCCCTTAGTCTCTTTACCTCCTATAGGAAGCCTCGTGGTCTACTTTCCACAAGGTCACAGCGAGCAAGTCGCCGCATCCATGAAGAAAGATACAGAAAACATCCCAAGTTACCCCAATCTTCCCTCCAAACTCATCTGCATGCTTCATAATGTCGCATTACATGCTGATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1036 aa · LXL04_002289|LXL04_002289|OH1004|PROTEIN

MKAPSNGYQPSSGEGTRKMMNSELWHACAGPLVSLPPIGSLVVYFPQGHSEQVAASMKKDTENIPSYPNLPSKLICMLHNVALHADAETDEVYAQMTLQPVTKYDQEALLMSEMGLKQNKQPAEFFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKIFPPLDFSMQPPAQELVARDLHDQSWTFRHIYRGQPKRHLLTTGWSVFVSSKRLSAGDAVLFIRDEKSQLLLGIRRANRQQPALSSSVISSDSMHIGILAAAAHAATNNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002289
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002289
位置Chr01:45344848-45349155 (+)
描述Similar to ARF19: Auxin response factor 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g19220 生长素反应因子 是与生长素反应启动子元件 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。
A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987
ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761
Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316
At5g20730 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。
Overlapping and non-redundant functions of the Arabidopsis auxin response factors MONOPTEROS and NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4.2004 · DOI: 10.1242/dev.00925
A gradient of auxin and auxin-dependent transcription precedes tropic growth responses.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0507127103
A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987
ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761
Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0196700 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YAA5 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os02g0141100 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002289 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009638 phototropism 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0040008 regulation of growth 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G19220
ath:AT5G20730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.954
排名 1 · LXL04_002289 · OH-1004
细胞质0.103
排名 2 · LXL04_002289 · OH-1004
细胞膜0.033
排名 3 · LXL04_002289 · OH-1004
内质网0.022
排名 4 · LXL04_002289 · OH-1004
质体0.016
排名 5 · LXL04_002289 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3126-227 aa
PF06507.20ARF_AD275-357 aa
PF02309.23AUX_IAA904-996 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002289PF02362.27B31262274.1e-2381.9
LXL04_002289PF06507.20ARF_AD2753574.4e-36123.3
LXL04_002289PF02309.23AUX_IAA9049966.2e-1039.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RYC8拟南芥Auxin response factor 1975.547%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
P93022拟南芥Auxin response factor 777.526%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
A3B9A0水稻Auxin response factor 1677.186%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
A2YAA5水稻Auxin response factor 1676.972%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6Z2W3水稻Auxin response factor 575.181%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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