LXL04_000772 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000772

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 14112911-14114706 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1338 bp · LXL04_000772|LXL04_000772|OH1004|cDNA

ATGATGAGAACCCTAGCTTCAATGGCATTTTGCAAATCGAAACAGCTGAAGAATCTCATCTTCACCCCATTTCTATATCGCCAATTTCTTCCCAAGCCAAGTAGTTTCTCTGATGTTATATACAAGGTTTTGCATCATGAACCAGCTGTTATATCACATGGAAACCAAAGATATATCCCTAGAGGTATCTTCTGGTATAGTTCGGCTCCTATTGACACAGTCATCAAACCACCAGTGAGCCATGTAACCGACACTGTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · LXL04_000772|LXL04_000772|OH1004|CDS

ATGATGAGAACCCTAGCTTCAATGGCATTTTGCAAATCGAAACAGCTGAAGAATCTCATCTTCACCCCATTTCTATATCGCCAATTTCTTCCCAAGCCAAGTAGTTTCTCTGATGTTATATACAAGGTTTTGCATCATGAACCAGCTGTTATATCACATGGAAACCAAAGATATATCCCTAGAGGTATCTTCTGGTATAGTTCGGCTCCTATTGACACAGTCATCAAACCACCAGTGAGCCATGTAACCGACACTGTATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

445 aa · LXL04_000772|LXL04_000772|OH1004|PROTEIN

MMRTLASMAFCKSKQLKNLIFTPFLYRQFLPKPSSFSDVIYKVLHHEPAVISHGNQRYIPRGIFWYSSAPIDTVIKPPVSHVTDTVSNGSPEAKPKRKKLKGKRAVIRWLKFFRFKKKKDYERMTAEEKILFKLRKARKKEERLNEALNKIEPKETSETTHDPEILTPEEHFYFLKMGIKSKNYVPVGRRGIYQGVILNMHLHWKKHETLQVIVKTFTPDEVKEMAVELARLSGGIVLDIKDDETIIMYRGKNYSQPPTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000772`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000772

位置 Chr01:14112911-14114706 (-)

描述 Similar to At3g25440: Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25440`	未表征的含CRM结构域蛋白At3g25440，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At3g27550`	参与线粒体Ⅱ组内含子的剪接。	CFM9, a Mitochondrial CRM Protein, Is Crucial for Mitochondrial Intron Splicing, Mitochondria Function and Arabidopsis Growth and Stress Responses.2019 · DOI: 10.1093/pcp/pcz147
`At3g23070`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0592400`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	Two CRM protein subfamilies cooperate in the splicing of group IIB introns in chloroplasts.2008 · DOI: 10.1261/rna.1223708

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0140040 mitochondrial polycistronic RNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23070

ath:AT3G25440

ath:AT3G27550

dosa:Os11g0592400

zma:100126360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.799

排名 1 · LXL04_000772 · OH-1004

质体0.125

排名 2 · LXL04_000772 · OH-1004

细胞核0.074

排名 3 · LXL04_000772 · OH-1004

细胞质0.053

排名 4 · LXL04_000772 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_000772 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01985.27CRS1_YhbY166-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000772	`PF01985.27`	CRS1_YhbY	166	250	1.9e-15	57.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67XL4`	拟南芥	Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic	57.208%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LT57`	拟南芥	CRM-domain containing factor CFM9, mitochondrial	45.763%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4J2U9`	拟南芥	CRM-domain containing factor CFM3A, chloroplastic/mitochondrial	37.158%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2R1U8`	水稻	CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial	35.196%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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