LXL04_000694 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000694

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 12774231-12793845 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5946 bp · LXL04_000694|LXL04_000694|OH1004|cDNA

ATGGAGATGTGTTTATGGCCATGGAAGCTTCTATGTGATGATTCTTGGTGCAGAACTACGGACATAATCAGTAAATTTGAAGTGGAATTGAAGTTGGTGTggttggctaaaactcctcagattgccattggtaagcgacaaacggagTATGTTCACGCTGTCTTGGGTTCCATTCCTGCGTCCCCCCCACCGGCTGGAATGCAGGCTCAGTGTATCCCCAACAGCTGCGAAGACCTCGAGACGAATTCTATCAATGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

5946 bp · LXL04_000694|LXL04_000694|OH1004|CDS

ATGGAGATGTGTTTATGGCCATGGAAGCTTCTATGTGATGATTCTTGGTGCAGAACTACGGACATAATCAGTAAATTTGAAGTGGAATTGAAGTTGGTGTGGTTGGCTAAAACTCCTCAGATTGCCATTGGTAAGCGACAAACGGAGTATGTTCACGCTGTCTTGGGTTCCATTCCTGCGTCCCCCCCACCGGCTGGAATGCAGGCTCAGTGTATCCCCAACAGCTGCGAAGACCTCGAGACGAATTCTATCAATGTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1981 aa · LXL04_000694|LXL04_000694|OH1004|PROTEIN

MEMCLWPWKLLCDDSWCRTTDIISKFEVELKLVWLAKTPQIAIGKRQTEYVHAVLGSIPASPPPAGMQAQCIPNSCEDLETNSINVIPNPESIEKLHRSLLGEARCLKTLNNILELLMVEGLNDVKLSYYGGLTVLLEFSSRIAAKDYLFLAKGTWSKWFRELDCWSPELQPMKHFASLSIVGVPPHAWFSDVFSDIGTMRGDVVIPEWCNEVTWNRERGKVVILTQSFNIINETVEIIINNSRFKIMVIEDFKESERIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000694`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000694

位置 Chr01:12774231-12793845 (-)

描述 Similar to LBD13: LOB domain-containing protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30340`	含LOB结构域的蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At2g40470`	含 LOB 结构域的蛋白质 15。	暂无已核实直接文献
`At2g30130`	含 LOB 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献
`At3g27650`	含LOB结构域蛋白 25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1905177 tracheary element differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30130

ath:AT2G30340

ath:AT2G40470

ath:AT3G27650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.469

排名 1 · LXL04_000694 · OH-1004

细胞核0.452

排名 2 · LXL04_000694 · OH-1004

细胞膜0.113

排名 3 · LXL04_000694 · OH-1004

内质网0.040

排名 4 · LXL04_000694 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_000694 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03372.30Exo_endo_phos677-797 aa

PF14529.13Exo_endo_phos_2678-800 aa

PF00078.33RVT_11076-1333 aa

PF13966.12zf-RVT1531-1589 aa

PF03195.20LOB1695-1792 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000694	`PF03372.30`	Exo_endo_phos	677	797	2.8e-07	31.2
LXL04_000694	`PF14529.13`	Exo_endo_phos_2	678	800	2.8e-08	34.4
LXL04_000694	`PF00078.33`	RVT_1	1076	1333	2.2e-28	100.2
LXL04_000694	`PF13966.12`	zf-RVT	1531	1589	9.4e-09	36.5
LXL04_000694	`PF03195.20`	LOB	1695	1792	1.9e-38	131.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9AT61`	拟南芥	LOB domain-containing protein 13	71.250%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L5T5`	拟南芥	LOB domain-containing protein 15	74.684%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LBW3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 12	64.865%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L8Q3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 25	61.682%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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