LXL04_000565 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000565

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 10378519-10380412 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1512 bp · LXL04_000565|LXL04_000565|OH1004|cDNA

ATGGCTCCAGCTCTCACCTCTAATTCCTTTCTCCTGACCACAACACCTCGCACAAGTCTCACTTCCCTCAAAAACCCTAGGAGACTAATCGTCTGTGCGAAGAAATCCGATGTATCTTCTGGTGGAGAAGGCGAAACCGAGAATTCGAATCGATTTCGGTTCAATTTCGACTTCGGGAAGGTTTCTGATATGAAATCGTTGATTCCAGTTGTGAGCAATCCCTCATCATCGGGTACGTTATTTGGTAGACGTAAGGATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1512 bp · LXL04_000565|LXL04_000565|OH1004|CDS

ATGGCTCCAGCTCTCACCTCTAATTCCTTTCTCCTGACCACAACACCTCGCACAAGTCTCACTTCCCTCAAAAACCCTAGGAGACTAATCGTCTGTGCGAAGAAATCCGATGTATCTTCTGGTGGAGAAGGCGAAACCGAGAATTCGAATCGATTTCGGTTCAATTTCGACTTCGGGAAGGTTTCTGATATGAAATCGTTGATTCCAGTTGTGAGCAATCCCTCATCATCGGGTACGTTATTTGGTAGACGTAAGGATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

503 aa · LXL04_000565|LXL04_000565|OH1004|PROTEIN

MAPALTSNSFLLTTTPRTSLTSLKNPRRLIVCAKKSDVSSGGEGETENSNRFRFNFDFGKVSDMKSLIPVVSNPSSSGTLFGRRKDPNTVFVAGATGQAGLRIAQTLLREGFSVRAGVPELSAAQDLARLAVNYKVISLEESKRLNAVESTFQDPEAIAKAIGNATKAVVTIGPFENGPTAEVTTSEALQFIQAAQLAGVSHVAIIYDTAAQAFTSTNNVLDGISTFFNNLFTKSQPLTLKEFLDGLIATDVNYTLIKTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000565`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000565

位置 Chr01:10378519-10380412 (-)

描述 Similar to PTAC16: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 16, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46780`	可能参与质体基因表达的调控。	暂无已核实直接文献
`At3g18890`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At2g34460`	未表征蛋白 At2g34460，叶绿体蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0100300`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000565 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010287 plastoglobule 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34460

ath:AT3G18890

ath:AT3G46780

dosa:Os10g0100300

osa:4347935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.986

排名 1 · LXL04_000565 · OH-1004

线粒体0.019

排名 2 · LXL04_000565 · OH-1004

细胞质0.018

排名 3 · LXL04_000565 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_000565 · OH-1004

细胞核0.016

排名 5 · LXL04_000565 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA88-203 aa

PF13460.13NAD_binding_1094-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000565	`PF05368.20`	NmrA	88	203	6.1e-07	30.0
LXL04_000565	`PF13460.13`	NAD_binding_10	94	303	2.8e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STF2`	拟南芥	Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 16, chloroplastic	51.020%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0U5`	拟南芥	Protein TIC 62, chloroplastic	25.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H124`	拟南芥	Uncharacterized protein At2g34460, chloroplastic	24.701%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10A77`	水稻	Protein TIC 62, chloroplastic	30.682%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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