LXL04_000488 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000488

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8965224-8965867 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

579 bp · LXL04_000488|LXL04_000488|OH1004|cDNA

ATGACATCGGCGCCAGTGACGGGAACAACAAGCAGCGGCGGCGGCAGCGGTAGTGGAAGCAGCAGGTGGTGTCCAACGCCGGAGCAGGTGATGTTATTAGAAGGAATGTATAGAGGCGGCCTGAAAACTCCAACAGCAACTCAGATACAGCAAATCACCGCAAGGCTATCGATTTACGGCAAAATCCAAGGCAAAAATGTCTTCTATTGGTTCCAAAATCACAAAGCTCGTGACCGACAAAAGCTTCGAAAGAAACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · LXL04_000488|LXL04_000488|OH1004|CDS

ATGACATCGGCGCCAGTGACGGGAACAACAAGCAGCGGCGGCGGCAGCGGTAGTGGAAGCAGCAGGTGGTGTCCAACGCCGGAGCAGGTGATGTTATTAGAAGGAATGTATAGAGGCGGCCTGAAAACTCCAACAGCAACTCAGATACAGCAAATCACCGCAAGGCTATCGATTTACGGCAAAATCCAAGGCAAAAATGTCTTCTATTGGTTCCAAAATCACAAAGCTCGTGACCGACAAAAGCTTCGAAAGAAACTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · LXL04_000488|LXL04_000488|OH1004|PROTEIN

MTSAPVTGTTSSGGGSGSGSSRWCPTPEQVMLLEGMYRGGLKTPTATQIQQITARLSIYGKIQGKNVFYWFQNHKARDRQKLRKKLNAWYQLHRPNYHPLHQVVGNQDASSCRTNANNANLDFTSDQTCNFMSDCPLMTMMMMDYHGTTPYCTRVPPKTLQLFPVATATATATTTTTTVDIKGEDQSSTTNP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000488`
TK1151 ID	TkA01G608730
OH-1004 ID	LXL04_000488
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000488

位置 Chr01:8965224-8965867 (+)

描述 Similar to WOX3: WUSCHEL-related homeobox 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28610`	可能的转录因子，必要于在茎尖分生组织的侧向域中启动器官创始细胞。	暂无已核实直接文献
`At5g59340`	可能参与胚胎图案形成的转录因子。	Expression dynamics of WOX genes mark cell fate decisions during early embryonic patterning in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1242/dev.00963
`At3g11260`	转录因子，可能参与根尖分生组织中干细胞的规范和维持。	ROW1 maintains quiescent centre identity by confining WOX5 expression to specific cells.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7003

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XZR3`	可能参与发育过程的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os05g0118700`	可能参与发育过程的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000488 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009942 longitudinal axis specification 生物过程

GO:0009943 adaxial/abaxial axis specification 生物过程

GO:0009947 centrolateral axis specification 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010482 regulation of epidermal cell division 生物过程

GO:0010654 apical cell fate commitment 生物过程

GO:0010865 stipule development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28610

ath:AT3G11260

ath:AT5G59340

osa:107275686

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · LXL04_000488 · OH-1004

细胞质0.072

排名 2 · LXL04_000488 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_000488 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_000488 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_000488 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain21-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000488	`PF00046.36`	Homeodomain	21	80	8.7e-13	48.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIB4`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 3	76.056%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6X7K1`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 2	58.228%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H1D2`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 5	47.619%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XZR3`	水稻	Putative WUSCHEL-related homeobox 2	73.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5W7C3`	水稻	Putative WUSCHEL-related homeobox 2	73.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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