LXL04_000458 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000458

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8503087-8506397 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2064 bp · LXL04_000458|LXL04_000458|OH1004|cDNA

ATGTCAATATCACTCCTTGCAAACAACCTTTACCTCACTTTCACCACCTTTTGGCTATGGTGGTGGAATGTCgacaacaaacaagacgagCTTGCTCGCAATTTCCTCACCATTTTAGTCCCGACATTACTCACTTTATGGTACAAATGTACCTTTTCGAACTTACCACCAGGTCCTTTTGGTTTCCCGATTCTAGGGTACCTCCCGTTTCTTGGGTCCAATCTGCATGAAAAGTTCACGGCGATGGGCCACCATTATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2064 bp · LXL04_000458|LXL04_000458|OH1004|CDS

ATGTCAATATCACTCCTTGCAAACAACCTTTACCTCACTTTCACCACCTTTTGGCTATGGTGGTGGAATGTCGACAACAAACAAGACGAGCTTGCTCGCAATTTCCTCACCATTTTAGTCCCGACATTACTCACTTTATGGTACAAATGTACCTTTTCGAACTTACCACCAGGTCCTTTTGGTTTCCCGATTCTAGGGTACCTCCCGTTTCTTGGGTCCAATCTGCATGAAAAGTTCACGGCGATGGGCCACCATTATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

687 aa · LXL04_000458|LXL04_000458|OH1004|PROTEIN

MSISLLANNLYLTFTTFWLWWWNVDNKQDELARNFLTILVPTLLTLWYKCTFSNLPPGPFGFPILGYLPFLGSNLHEKFTAMGHHYGPIFSLRLGTKLHVVVNSMELAKVVARDQDKTLANRSPPLTAVISSYGVNNISWSNNNTHWRNMRKLLVSQLMSTTNLNSSSSQTLRTNEVRKMVADVYSKLGQKIDINEIGFNAAFDVLTSMLWGGRKSGEGNFSSYLVERFLEVEFKIIELQGARNISDFLPMLSWLDLQGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000458`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000458

位置 Chr01:8503087-8506397 (-)

描述 Similar to CYP71AU50: Cytochrome P450 71AU50

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45560`	细胞色素 P450 76C1。	暂无已核实直接文献
`At5g07990`	催化类黄酮 B 环的 3'-羟基化为 3',4'-羟基化状态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000458 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

GO:1901946 miltiradiene biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45560

ath:AT5G07990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.794

排名 1 · LXL04_000458 · OH-1004

质体0.082

排名 2 · LXL04_000458 · OH-1004

细胞核0.059

排名 3 · LXL04_000458 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_000458 · OH-1004

细胞质0.056

排名 5 · LXL04_000458 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00067.28p45056-516 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000458	`PF00067.28`	p450	56	516	1.5e-94	318.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64636`	拟南芥	Cytochrome P450 76C1	34.310%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SD85`	拟南芥	Flavonoid 3'-monooxygenase	34.951%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情