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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000409
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 7642253-7646829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1464 bp · LXL04_000409|LXL04_000409|OH1004|cDNA

ATGAATAGCACTTTAAAGATTGGTTGCAACCACGAAACGGTTTACAATCTGAAAGCACATCAACAACCATGGCAAGTTGGAATTACCATTTTGCCATCGGAAATCGAGGGAAGAGGTGTAATCAACCAGCAAGAAGAAcgacaacaacaacagcaacagaTGATAAGTTATAGACAAGAACTTCCATCGTGTAGTAAGACGATTATGGAACAGATTGGGTCACCATCTTCTGCAGTTTTCGCGACTGAAAAATACCTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1464 bp · LXL04_000409|LXL04_000409|OH1004|CDS

ATGAATAGCACTTTAAAGATTGGTTGCAACCACGAAACGGTTTACAATCTGAAAGCACATCAACAACCATGGCAAGTTGGAATTACCATTTTGCCATCGGAAATCGAGGGAAGAGGTGTAATCAACCAGCAAGAAGAACGACAACAACAACAGCAACAGATGATAAGTTATAGACAAGAACTTCCATCGTGTAGTAAGACGATTATGGAACAGATTGGGTCACCATCTTCTGCAGTTTTCGCGACTGAAAAATACCTGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

487 aa · LXL04_000409|LXL04_000409|OH1004|PROTEIN

MNSTLKIGCNHETVYNLKAHQQPWQVGITILPSEIEGRGVINQQEERQQQQQQMISYRQELPSCSKTIMEQIGSPSSAVFATEKYLGFSQNGVRRSVNDETDVSSVPQMRFDHHFMQPSNNGVFSSYERPFKMRCGNQSERDQIRELKRKLLDESDNSDWRQSQPSICYDGNQDLGGQFGHSMHNGRPPSGQLSGNCTNSVNVMPSKTRIRWTQDLHDRFVECVSCLGGAEKATPKAILKLMDSEGLTIFHVKSHLQKYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000409
TK1151 IDTkA01G613540
OH-1004 IDLXL04_000409
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.740 / OH-1004 78.850
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000409
位置Chr01:7642253-7646829 (-)
描述Similar to PHL5: Myb family transcription factor PHL5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g06800 Myb 家族转录因子 PHL5。 暂无已核实直接文献
At2g01060 Myb家族转录因子PHL7。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0665600 转录因子，可结合目标基因启动子的特定DNA序列，如R1BS基序5'-NAKATNCN-3'和P1BS基序5'-GNATATNC-3'以触发其表达。
An SPX-RLI1 Module Regulates Leaf Inclination in Response to Phosphate Availability in Rice.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00738
Modulation of nitrate-induced phosphate response by the MYB transcription factor RLI1/HINGE1 in the nucleus.2021 · DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.005
UniProt: A2XYN9 转录因子结合靶基因启动子上的特定 DNA 序列，例如 R1BS 基序 5'-NAKATNCN-3' 和 P1BS 基序 5'-GNATATNC-3' 以触发其表达（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
Os07g0438800 参与磷酸盐饥饿信号传导的转录因子。
OsPHR2 is involved in phosphate-starvation signaling and excessive phosphate accumulation in shoots of plants.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.111443
Role of OsPHR2 on phosphorus homeostasis and root hairs development in rice (Oryza sativa L.).2008 · DOI: 10.4161/psb.3.9.5781
OsSPX1 suppresses the function of OsPHR2 in the regulation of expression of OsPT2 and phosphate homeostasis in shoots of rice.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04170.x
SPX4 Negatively Regulates Phosphate Signaling and Homeostasis through Its Interaction with PHR2 in Rice.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.123208
Rice SPX1 and SPX2 inhibit phosphate starvation responses through interacting with PHR2 in a phosphate-dependent manner.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1404680111
Genetic manipulation of a high-affinity PHR1 target cis-element to improve phosphorous uptake in Oryza sativa L.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0289-y
Integrative Comparison of the Role of the PHOSPHATE RESPONSE1 Subfamily in Phosphate Signaling and Homeostasis in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00736
Modulation of nitrate-induced phosphate response by the MYB transcription factor RLI1/HINGE1 in the nucleus.2021 · DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.005
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000409 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010167 response to nitrate 生物过程
GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0016132 brassinosteroid biosynthetic process 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0051511 negative regulation of unidimensional cell growth 生物过程
GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G06800
dosa:Os04g0665600
osa:4337318
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961
排名 1 · LXL04_000409 · OH-1004
细胞质0.122
排名 2 · LXL04_000409 · OH-1004
细胞膜0.018
排名 3 · LXL04_000409 · OH-1004
线粒体0.012
排名 4 · LXL04_000409 · OH-1004
内质网0.008
排名 5 · LXL04_000409 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding211-260 aa
PF14379.12Myb_CC_LHEQLE291-337 aa
PF14379.12Myb_CC_LHEQLE405-450 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000409PF00249.38Myb_DNA-binding2112602.7e-0628.1
LXL04_000409PF14379.12Myb_CC_LHEQLE2913372.8e-31107.7
LXL04_000409PF14379.12Myb_CC_LHEQLE4054502.8e-31107.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WVU3拟南芥Myb family transcription factor PHL565.605%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SJW0拟南芥Myb family transcription factor PHL752.318%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0J995水稻Myb family transcription factor RLI161.538%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
A2XYN9水稻Myb family transcription factor RLI161.538%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6Z156水稻Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 249.390%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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