qRT-PCR 引物设计

输入基因 ID、cDNA 或 CDS 序列，基于当前参考序列设计 qRT-PCR 引物，并标记同源/相似 CDS 中的 3′ seed 风险。

单次输入最多 250,000 bp；候选引物位置在输入序列前 2,000 bp 内搜索。需要其他区域时，请提交对应区域的 cDNA/CDS 序列。

真实数据示例

TkA01G000070 · TK1151 · CDS 1170 bp

直接运行示例下载示例FASTA

示例序列取自本站TK1151参考CDS，可查看基因卡片及参考来源。

已用同参考 CDS BLAST 查找同源/相似转录本；风险标记基于候选引物 3' seed。

输入解析

记录: TkA01G000070 · 参考: TK1151 · 长度: 1170 bp

相似 CDS / 同源候选

记录	一致性	比对长度	E-value	Bitscore
`TkAUNG075120`	100.00%	1170	0.0	2111.0

候选引物对

候选引物对: 50产物范围: 80–200 bp目标Tm: 60.0 °C

同源CDS的3′ seed筛查不是全基因组特异性验证；Tm为近似序列公式。尚未检查外显子连接、二聚体或发卡结构，候选需按实验体系验证。

#	评分	风险	产物	上游引物	下游引物	3′ seed 风险
1	40.5	中	80 bp 12-91	`TGCTCCATTAGCCCTTAAGTGC` 12 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GGTATATGCGAGTGACTCCAAC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
2	40.5	中	80 bp 255-334	`AGAAGGTGAGAGGATTTCACGG` 255 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GTTGTTCTGAAGTCATCTCGGC` 313 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
3	40.5	中	80 bp 497-576	`CCCAACAGCAAGGCTTGATAAC` 497 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ATTGTATGCTTCACCCTCCACC` 555 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
4	40.5	中	81 bp 11-91	`GTGCTCCATTAGCCCTTAAGTG` 11 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GGTATATGCGAGTGACTCCAAC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
5	40.5	中	81 bp 63-143	`CACATTAGTTGGAGTCACTCGC` 63 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TCTGATCTCACCACAAATCCCC` 122 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
6	40.5	中	81 bp 76-156	`GTCACTCGCATATACCCTCTTC` 76 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GCTTTCCATCCTCTCTGATCTC` 135 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
7	40.5	中	81 bp 123-203	`GGGATTTGTGGTGAGATCAGAG` 123 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CCTTCCACAATGGTTGTACGTC` 182 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
8	40.5	中	81 bp 310-390	`ATGGCCGAGATGACTTCAGAAC` 310 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CATCTCTGACTGTCTACTTGCC` 369 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
9	40.5	中	81 bp 497-577	`CCCAACAGCAAGGCTTGATAAC` 497 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CATTGTATGCTTCACCCTCCAC` 556 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
10	40.5	中	82 bp 2-83	`AAAGTGGGTGTGCTCCATTAGC` 2 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CGAGTGACTCCAACTAATGTGC` 62 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
11	40.5	中	82 bp 42-123	`TAATGGAGGGGTAGTTCCAAGC` 42 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CCCTTCACTTAACCTTTCCCTG` 102 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
12	40.5	中	82 bp 62-143	`GCACATTAGTTGGAGTCACTCG` 62 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TCTGATCTCACCACAAATCCCC` 122 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
13	40.5	中	82 bp 63-144	`CACATTAGTTGGAGTCACTCGC` 63 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CTCTGATCTCACCACAAATCCC` 123 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
14	40.5	中	82 bp 310-391	`ATGGCCGAGATGACTTCAGAAC` 310 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GCATCTCTGACTGTCTACTTGC` 370 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
15	40.5	中	82 bp 458-539	`GAGTCAGAGTCGTTGGTTTGAC` 458 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCTCGGTTGGGTTCCAGATAG` 518 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
16	40.5	中	83 bp 2-84	`AAAGTGGGTGTGCTCCATTAGC` 2 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GCGAGTGACTCCAACTAATGTG` 63 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
17	40.5	中	83 bp 9-91	`GTGTGCTCCATTAGCCCTTAAG` 9 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GGTATATGCGAGTGACTCCAAC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
18	40.5	中	83 bp 41-123	`GTAATGGAGGGGTAGTTCCAAG` 41 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CCCTTCACTTAACCTTTCCCTG` 102 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
19	40.5	中	83 bp 62-144	`GCACATTAGTTGGAGTCACTCG` 62 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CTCTGATCTCACCACAAATCCC` 123 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
20	40.5	中	83 bp 71-153	`TTGGAGTCACTCGCATATACCC` 71 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCCATCCTCTCTGATCTCACC` 132 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
21	40.5	中	84 bp 12-95	`TGCTCCATTAGCCCTTAAGTGC` 12 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`AGAGGGTATATGCGAGTGACTC` 74 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
22	40.5	中	84 bp 70-153	`GTTGGAGTCACTCGCATATACC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCCATCCTCTCTGATCTCACC` 132 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
23	40.5	中	84 bp 456-539	`GAGAGTCAGAGTCGTTGGTTTG` 456 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCTCGGTTGGGTTCCAGATAG` 518 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
24	40.5	中	85 bp 11-95	`GTGCTCCATTAGCCCTTAAGTG` 11 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`AGAGGGTATATGCGAGTGACTC` 74 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
25	40.5	中	85 bp 492-576	`CAATTCCCAACAGCAAGGCTTG` 492 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ATTGTATGCTTCACCCTCCACC` 555 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
26	40.5	中	86 bp 12-97	`TGCTCCATTAGCCCTTAAGTGC` 12 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GAAGAGGGTATATGCGAGTGAC` 76 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
27	40.5	中	86 bp 38-123	`AAGGTAATGGAGGGGTAGTTCC` 38 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CCCTTCACTTAACCTTTCCCTG` 102 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
28	40.5	中	86 bp 71-156	`TTGGAGTCACTCGCATATACCC` 71 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GCTTTCCATCCTCTCTGATCTC` 135 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
29	40.5	中	86 bp 492-577	`CAATTCCCAACAGCAAGGCTTG` 492 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CATTGTATGCTTCACCCTCCAC` 556 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
30	40.5	中	87 bp 9-95	`GTGTGCTCCATTAGCCCTTAAG` 9 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`AGAGGGTATATGCGAGTGACTC` 74 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
31	40.5	中	87 bp 11-97	`GTGCTCCATTAGCCCTTAAGTG` 11 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GAAGAGGGTATATGCGAGTGAC` 76 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
32	40.5	中	87 bp 70-156	`GTTGGAGTCACTCGCATATACC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GCTTTCCATCCTCTCTGATCTC` 135 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
33	40.5	中	89 bp 9-97	`GTGTGCTCCATTAGCCCTTAAG` 9 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GAAGAGGGTATATGCGAGTGAC` 76 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
34	40.5	中	89 bp 458-546	`GAGTCAGAGTCGTTGGTTTGAC` 458 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTGCTGTTTCTCGGTTGGGTTC` 525 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
35	40.5	中	89 bp 488-576	`AGACCAATTCCCAACAGCAAGG` 488 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ATTGTATGCTTCACCCTCCACC` 555 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
36	40.5	中	90 bp 2-91	`AAAGTGGGTGTGCTCCATTAGC` 2 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GGTATATGCGAGTGACTCCAAC` 70 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
37	40.5	中	90 bp 487-576	`CAGACCAATTCCCAACAGCAAG` 487 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ATTGTATGCTTCACCCTCCACC` 555 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
38	40.5	中	90 bp 488-577	`AGACCAATTCCCAACAGCAAGG` 488 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CATTGTATGCTTCACCCTCCAC` 556 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
39	40.5	中	90 bp 556-645	`GTGGAGGGTGAAGCATACAATG` 556 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`GTTTGAAGATCCTCTTGCACGC` 624 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
40	40.5	中	91 bp 63-153	`CACATTAGTTGGAGTCACTCGC` 63 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCCATCCTCTCTGATCTCACC` 132 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
41	40.5	中	91 bp 456-546	`GAGAGTCAGAGTCGTTGGTTTG` 456 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTGCTGTTTCTCGGTTGGGTTC` 525 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
42	40.5	中	91 bp 487-577	`CAGACCAATTCCCAACAGCAAG` 487 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CATTGTATGCTTCACCCTCCAC` 556 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
43	40.5	中	91 bp 653-743	`GCCCATTACCTCCATCTTCAAC` 653 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ACGGGAACTTCTCCCATGTTTG` 722 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
44	40.5	中	92 bp 62-153	`GCACATTAGTTGGAGTCACTCG` 62 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TTCCATCCTCTCTGATCTCACC` 132 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
45	40.5	中	92 bp 297-388	`ACCGGAAGTTATTATGGCCGAG` 297 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TCTCTGACTGTCTACTTGCCTC` 367 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
46	40.5	中	92 bp 458-549	`GAGTCAGAGTCGTTGGTTTGAC` 458 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`TGATTGCTGTTTCTCGGTTGGG` 528 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
47	40.5	中	93 bp 458-550	`GAGTCAGAGTCGTTGGTTTGAC` 458 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`CTGATTGCTGTTTCTCGGTTGG` 529 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
48	40.5	中	93 bp 484-576	`CAACAGACCAATTCCCAACAGC` 484 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`ATTGTATGCTTCACCCTCCACC` 555 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
49	40.5	中	93 bp 980-1072	`GGGCAAAGGACCATTTGAATCG` 980 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`AGTGTCTTGAGTTACCGCCATC` 1051 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120
50	40.5	中	94 bp 2-95	`AAAGTGGGTGTGCTCCATTAGC` 2 · Tm 60.5 · GC 50.0%	`AGAGGGTATATGCGAGTGACTC` 74 · Tm 60.5 · GC 50.0%	F: 中 TkAUNG075120 R: 中 TkAUNG075120