TkAUNG097520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG097520

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27539304-27540766 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1224 bp · TkAUNG097520|TK1151|cDNA

ATGGCGGCAGCTCGTTCAATCTTCGTTGGACTCATCCGCAGACAGACGACACCTAATAGTTCACTGAGGTTCCTGTCTTCGTCGTCTTCATCTTCAACGGCTTCGAAATTAGAAATCGTCTATGACGAATCGCCGATTTCGGTTCCAGAAGATGAATCCGACCTCTGTGCGAGTGGCAGTGATGATCTAAAGAGCAGAATTTTCCGGCTGAGACTCCCGAAGCGCAGCGCAACCAATGTTATTGAGAAATGGATCAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1224 bp · TkAUNG097520|TK1151|CDS

ATGGCGGCAGCTCGTTCAATCTTCGTTGGACTCATCCGCAGACAGACGACACCTAATAGTTCACTGAGGTTCCTGTCTTCGTCGTCTTCATCTTCAACGGCTTCGAAATTAGAAATCGTCTATGACGAATCGCCGATTTCGGTTCCAGAAGATGAATCCGACCTCTGTGCGAGTGGCAGTGATGATCTAAAGAGCAGAATTTTCCGGCTGAGACTCCCGAAGCGCAGCGCAACCAATGTTATTGAGAAATGGATCAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

407 aa · TkAUNG097520|TK1151|PROTEIN

MAAARSIFVGLIRRQTTPNSSLRFLSSSSSSSTASKLEIVYDESPISVPEDESDLCASGSDDLKSRIFRLRLPKRSATNVIEKWINEGNQITTYDLRHISKELRKSHRYKHALELSEWMVSHNELELSDSDYAIRIDLMTKVFGIDAAERYFQGLPPNAKTTESYTALLHSYAASKLTTKAEDLYQKMIQSGLKLTAITYNELMTLYMSVGEVEKVFSIIQELKTQNVSPDIYTYNLWISSCASCLKINEVKTILDEMSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG097520`
TK1151 ID	TkAUNG097520
OH-1004 ID	LXL04_017157
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG097520

位置 ChrUn:27539304-27540766 (-)

描述 Similar to At5g09450: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g09450`	含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At4g02820`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g01990`	含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g80270`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g80270，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017157 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT2G20710

ath:AT4G02820

ath:AT5G09450

ath:AT5G27460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.755

排名 1 · TkAUNG097520 · TK1151

质体0.136

排名 2 · TkAUNG097520 · TK1151

细胞核0.067

排名 3 · TkAUNG097520 · TK1151

细胞质0.042

排名 4 · TkAUNG097520 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkAUNG097520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long70-86 aa

PF23276TPR_2477-188 aa

PF19189Mtf2101-119 aa

PF13041PPR_2105-123 aa

PF17177PPR_long109-256 aa

PF24892UTP6_C134-271 aa

PF13041PPR_2162-203 aa

PF01535PPR164-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG097520	`PF17177`	PPR_long	70	86	8.5e-05	22.7
TkAUNG097520	`PF23276`	TPR_24	77	188	2.8e-05	24.8
TkAUNG097520	`PF19189`	Mtf2	101	119	0.045	14.2
TkAUNG097520	`PF13041`	PPR_2	105	123	3.1e-18	66.3
TkAUNG097520	`PF17177`	PPR_long	109	256	8.5e-05	22.7
TkAUNG097520	`PF24892`	UTP6_C	134	271	0.0034	18.1
TkAUNG097520	`PF13041`	PPR_2	162	203	3.1e-18	66.3
TkAUNG097520	`PF01535`	PPR	164	193	2e-18	65.9
TkAUNG097520	`PF13812`	PPR_3	164	188	7.8e-11	42.6
TkAUNG097520	`PF12854`	PPR_1	164	188	0.0028	18.0
TkAUNG097520	`PF29070`	MSC6_N	165	280	5.9e-09	36.2
TkAUNG097520	`PF23276`	TPR_24	177	273	2.8e-05	24.8
TkAUNG097520	`PF00566`	RabGAP-TBC	177	219	0.0092	16.4
TkAUNG097520	`PF13812`	PPR_3	184	242	7.8e-11	42.6
TkAUNG097520	`PF12854`	PPR_1	192	202	0.0028	18.0
TkAUNG097520	`PF19189`	Mtf2	196	238	0.045	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B59`	拟南芥	sp\|Q94B59\|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SY07`	拟南芥	sp\|Q9SY07\|PP302_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial	44.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q93WC5`	拟南芥	sp\|Q93WC5\|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial	27.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C977`	拟南芥	sp\|Q9C977\|PP135_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial	23.700%	Swiss-Prot	低置信

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