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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG097470
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27520015-27521334 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

915 bp · TkAUNG097470|TK1151|cDNA

ATGCGCCTCAAAGAAATCTCCGCCACAATTCTCGCCAACATCGTCGCCTCCGATTGTGACTTCGATTCCATCCCTGTGGGCCCCAACCACCAAACCCTAGTCTCAGAAGACATCATCCACAACCTCCTCCACCTTATAAGCAACACGGGCCCCACCATCGAATGCAAACTCTTACACGTTCTTGTGGGCCTCACCAACTCTCCGGTCACTTTAGTCAGTGTTGTATCCGCCATTAAAAGCTCGGGTGCAATCAACAGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkAUNG097470|TK1151|CDS

ATGCGCCTCAAAGAAATCTCCGCCACAATTCTCGCCAACATCGTCGCCTCCGATTGTGACTTCGATTCCATCCCTGTGGGCCCCAACCACCAAACCCTAGTCTCAGAAGACATCATCCACAACCTCCTCCACCTTATAAGCAACACGGGCCCCACCATCGAATGCAAACTCTTACACGTTCTTGTGGGCCTCACCAACTCTCCGGTCACTTTAGTCAGTGTTGTATCCGCCATTAAAAGCTCGGGTGCAATCAACAGTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

304 aa · TkAUNG097470|TK1151|PROTEIN

MRLKEISATILANIVASDCDFDSIPVGPNHQTLVSEDIIHNLLHLISNTGPTIECKLLHVLVGLTNSPVTLVSVVSAIKSSGAINSLVQFIEAPQQDLRLASIKLLQNLSPNMGQELASSLRGTAGQLGGLIKVISENIASTEEQAAAVGCWRTFRNVTWDSRDKCWMKAHGPGLPRLVALLDHTNELVIEASLASLAALSTLLDDGVNIEQGIAALCEVEGIKPILDVLVEKKTENLWRRAVWVVERLLRTEDIAYEVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG097470
TK1151 IDTkAUNG097470
OH-1004 IDLXL04_035767
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)50.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.013 / OH-1004 53.523
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG097470
位置ChrUn:27520015-27521334 (-)
描述Similar to PUB43: U-box domain-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g76390 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g20780 充当 E3 泛素蛋白连接酶。
Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for suppression of premature senescence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03846.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0657100 E3 泛素蛋白连接酶，作为油菜素甾醇 信号传导的负调节因子。
OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20780
ath:AT1G76390
ath:AT5G42340
dosa:Os03g0657100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574
排名 1 · TkAUNG097470 · TK1151
细胞核0.388
排名 2 · TkAUNG097470 · TK1151
细胞膜0.112
排名 3 · TkAUNG097470 · TK1151
高尔基体0.059
排名 4 · TkAUNG097470 · TK1151
内质网0.057
排名 5 · TkAUNG097470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00514Arm3-15 aa
PF04826Arm_226-122 aa
PF24768ARM_ARMC530-110 aa
PF01602Adaptin_N32-112 aa
PF00514Arm53-70 aa
PF15787DUF470455-116 aa
PF25598ARM_PUB58-201 aa
PF02985HEAT58-72 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG097470PF00514Arm3150.0001622.3
TkAUNG097470PF04826Arm_2261220.01315.7
TkAUNG097470PF24768ARM_ARMC5301104.6e-0833.5
TkAUNG097470PF01602Adaptin_N321120.09212.0
TkAUNG097470PF00514Arm53700.0001622.3
TkAUNG097470PF15787DUF4704551160.0513.1
TkAUNG097470PF25598ARM_PUB582010.001918.4
TkAUNG097470PF02985HEAT58720.003818.0
TkAUNG097470PF00514Arm761100.0001622.3
TkAUNG097470PF13646HEAT_2771090.0008620.3
TkAUNG097470PF22964ZER1-like_2nd831830.01115.1
TkAUNG097470PF02985HEAT841120.003818.0
TkAUNG097470PF23227HEAT_MROH2B_C851230.1612.0
TkAUNG097470PF21950MINION991520.09613.8
TkAUNG097470PF24768ARM_ARMC51302014.6e-0833.5
TkAUNG097470PF07153Marek_SORF31391820.008216.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SFX2拟南芥sp|Q9SFX2|PUB43_ARATH U-box domain-containing protein 4342.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LM76拟南芥sp|Q9LM76|PUB44_ARATH U-box domain-containing protein 4442.400%Swiss-Prot中等置信
Q10FT0水稻sp|Q10FT0|PUB24_ORYSJ U-box domain-containing protein 2435.600%Swiss-Prot中等置信

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