TkAUNG090350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090350

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25650032-25653332 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2345 bp · TkAUNG090350|TK1151|cDNA

CCCATACGCAAACATATACGGTTTCTTTCCTCAAACGTTTACGAAATCACTTTTTAGATCCGATGCAGTTATTGTCCTAAATCCCTTCCTCCCACCTAATTTTCAGCCGAAGATAGGGAATCTGTGTGTGAAAGAGAGGGCGTAAAATGGCAGAATCCTCGAATCGGAGGGCGAAAGTGAAAAACAAATCGCCGGCGGAGCAGAACGGTGGAGAAATGAGTCTCGATAAACTCTCGTCGGAAGTCTTCGCCACAATAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1962 bp · TkAUNG090350|TK1151|CDS

ATGGCAGAATCCTCGAATCGGAGGGCGAAAGTGAAAAACAAATCGCCGGCGGAGCAGAACGGTGGAGAAATGAGTCTCGATAAACTCTCGTCGGAAGTCTTCGCCACAATAATGACGAAACTTGATGTTTCTTCGATCTGCGCCATCTCCCTGACTTGCAAAAGCTTTCGCGTTTGCGCTCAAGATATCTTCAAATTTCTCCCAAATTTCCACCTCCTGGAAATCGCAGCTCCAATTGATCGGTTACGAGGATTGTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

653 aa · TkAUNG090350|TK1151|PROTEIN

MAESSNRRAKVKNKSPAEQNGGEMSLDKLSSEVFATIMTKLDVSSICAISLTCKSFRVCAQDIFKFLPNFHLLEIAAPIDRLRGLLLPNASLRSLKLDCRRLNESSTDYLLQPGLLELSLRNCFKFSGKLLSEVGARCKHLRSLYVSSVADNRGHLHDVCDLEELFKGCTQLEELILMFDVSIFRRPDFARVWTLASTKLTYLQLGYITQLMVTELLTPTPLPHQQPPHLPPPIFPNLHKLSLSVDYISNTMINIISSTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090350`
TK1151 ID	TkAUNG090350
OH-1004 ID	LXL04_025305
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG090350

位置 ChrUn:25650032-25653332 (-)

描述 Similar to FBL10: F-box/LRR-repeat protein 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17020`	F-box/LRR-重复蛋白 10。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003341 cilium movement 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005930 axoneme 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55590

ath:AT2G17020

ath:AT4G15475

hsa:222235

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.799

排名 1 · TkAUNG090350 · TK1151

细胞质0.171

排名 2 · TkAUNG090350 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkAUNG090350 · TK1151

线粒体0.038

排名 4 · TkAUNG090350 · TK1151

质体0.023

排名 5 · TkAUNG090350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15966F-box_424-60 aa

PF00646F-box26-61 aa

PF12937F-box-like32-62 aa

PF13516LRR_638-45 aa

PF00646F-box61-73 aa

PF29594LRR_SKP276-159 aa

PF25372LRR_FBXL1579-608 aa

PF12799LRR_482-102 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090350	`PF15966`	F-box_4	24	60	0.063	13.9
TkAUNG090350	`PF00646`	F-box	26	61	0.00059	20.4
TkAUNG090350	`PF12937`	F-box-like	32	62	0.00068	20.1
TkAUNG090350	`PF13516`	LRR_6	38	45	0.91	10.4
TkAUNG090350	`PF00646`	F-box	61	73	0.00059	20.4
TkAUNG090350	`PF29594`	LRR_SKP2	76	159	5.4e-08	33.1
TkAUNG090350	`PF25372`	LRR_FBXL15	79	608	6.1e-119	398.6
TkAUNG090350	`PF12799`	LRR_4	82	102	0.21	12.6
TkAUNG090350	`PF00646`	F-box	87	106	0.00059	20.4
TkAUNG090350	`PF12937`	F-box-like	87	108	0.00068	20.1
TkAUNG090350	`PF15966`	F-box_4	87	134	0.063	13.9
TkAUNG090350	`PF13516`	LRR_6	89	98	0.91	10.4
TkAUNG090350	`PF12799`	LRR_4	115	148	0.21	12.6
TkAUNG090350	`PF13516`	LRR_6	138	148	0.91	10.4
TkAUNG090350	`PF29594`	LRR_SKP2	162	211	5.4e-08	33.1
TkAUNG090350	`PF12799`	LRR_4	162	177	0.21	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SDA8`	拟南芥	sp\|Q9SDA8\|FBL10_ARATH F-box/LRR-repeat protein 10	44.100%	Swiss-Prot	中等置信

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