TkAUNG090180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG090180

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25604021-25605336 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1177 bp · TkAUNG090180|TK1151|cDNA

TTATTCTTTAAGGCAGGAAGTGAAGAACATCCCCATTTTATCTACAATGGAGTTGCTCTCCTTCTCGACTCCCTCGTCTTACTGCCCTCCTTCATCCATCTCCAATCTCCGTCAGCTTCTTCCAACAAAACCCTCCCAATCCCTTTCTCTCCGCCGCCTAGCACCACCGCAAAGCTCCGTCAGATGTTCAGTTGGGTCCTCTCTCCAAACCCTAGGATTTGACTTCAAACCAACACTCGGTTTCTCGGCTTCTTCGCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

894 bp · TkAUNG090180|TK1151|CDS

ATGGAGTTGCTCTCCTTCTCGACTCCCTCGTCTTACTGCCCTCCTTCATCCATCTCCAATCTCCGTCAGCTTCTTCCAACAAAACCCTCCCAATCCCTTTCTCTCCGCCGCCTAGCACCACCGCAAAGCTCCGTCAGATGTTCAGTTGGGTCCTCTCTCCAAACCCTAGGATTTGACTTCAAACCAACACTCGGTTTCTCGGCTTCTTCGCCACAGACTCCGGCGACAGCGATGAGAGGCGCCGAATCCGACGCGATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

297 aa · TkAUNG090180|TK1151|PROTEIN

MELLSFSTPSSYCPPSSISNLRQLLPTKPSQSLSLRRLAPPQSSVRCSVGSSLQTLGFDFKPTLGFSASSPQTPATAMRGAESDAMGLLLRERIVFLGTQIDDFVADAIISQLLLLDAQDPSKDIRLFVNSTGGSLSASMAIYDVLKLVRADVSTIALGISASTASIILGGGTKGKRLAMPNTRIMIHQPMGGASGQAIDVEIQAREMMHNKDNVTRILAESTGRSYEQVQKDIDRDRYMSPIEAVEYGIIDGVIDEDSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG090180`
TK1151 ID	TkAUNG090180
OH-1004 ID	LXL04_026028
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 33.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG090180

位置 ChrUn:25604021-25605336 (-)

描述 Similar to CASC125: (E)-beta-farnesene synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45390`	在需要 ATP 水解的过程中切割各种蛋白中的肽。	A nuclear-encoded ClpP subunit of the chloroplast ATP-dependent Clp protease is essential for early development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0292-2 The chloroplast protease subunit ClpP4 is a substrate of the E3 ligase AtCHIP and plays an important role in chloroplast function.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02963.x Modified Clp protease complex in the ClpP3 null mutant and consequences for chloroplast development and function in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.215699

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026028 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016102 diterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0046246 terpene biosynthetic process 生物过程

GO:0051762 sesquiterpene biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0010333 terpene synthase activity 分子功能

GO:0034005 germacrene-A synthase activity 分子功能

GO:0080016 (-)-E-beta-caryophyllene synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAL79181

ag:AMP42991

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.974

排名 1 · TkAUNG090180 · TK1151

线粒体0.032

排名 2 · TkAUNG090180 · TK1151

细胞核0.022

排名 3 · TkAUNG090180 · TK1151

细胞质0.015

排名 4 · TkAUNG090180 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkAUNG090180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00574CLP_protease83-257 aa

PF19575HTH_58212-231 aa

PF19575HTH_58248-258 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG090180	`PF00574`	CLP_protease	83	257	1.3e-71	241.0
TkAUNG090180	`PF19575`	HTH_58	212	231	0.21	12.2
TkAUNG090180	`PF19575`	HTH_58	248	258	0.21	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B60`	拟南芥	sp\|Q94B60\|CLPP4_ARATH ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 4, chloroplastic	81.900%	Swiss-Prot	高置信

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