RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG064300
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 18684206-18686029 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1746 bp · TkAUNG064300|TK1151|cDNA

AGGGTACGCTTCTGTAGCGTTGAATCTTCTCGTGAAGATGTTACGATCAGGTACTGAGCCAAATGAGCACACTTTTTCAACTGCGCTCACTTGTTGCACCGGAGTTTATGGGCTTGAGCATGGAATGCAAATCCACAATCTTACAATCAAAACCAGCTTTCAATCTCATTTATATGTCGGATCCTCCCTCCTTGATATGTACGCTAAAGCTGGTGAAATCCATGAAGCCCGTCTTGTTTTCGAAGACCTACCACAAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1041 bp · TkAUNG064300|TK1151|CDS

ATGTTACGATCAGGTACTGAGCCAAATGAGCACACTTTTTCAACTGCGCTCACTTGTTGCACCGGAGTTTATGGGCTTGAGCATGGAATGCAAATCCACAATCTTACAATCAAAACCAGCTTTCAATCTCATTTATATGTCGGATCCTCCCTCCTTGATATGTACGCTAAAGCTGGTGAAATCCATGAAGCCCGTCTTGTTTTCGAAGACCTACCACAAAGAGACGTGGTTTCCTGCACCGCAATTATCTCAGGCTATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

346 aa · TkAUNG064300|TK1151|PROTEIN

MLRSGTEPNEHTFSTALTCCTGVYGLEHGMQIHNLTIKTSFQSHLYVGSSLLDMYAKAGEIHEARLVFEDLPQRDVVSCTAIISGYAQLGLDEDALKLFHRFQKEGMSSNYVTYASVLTAVSGLAAYETGKQIHSHILRSKLPFYIILQNSLIDMYTKCGQLNYARKVFDKMSERTVISWNAMLVGYSKHGMGTEVSNLFELMRKENKVKPDKVTFLAILSGCSHGHMENKGLQVFDEMMSGKDGIVPDIEHYGCIVDLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG064300
TK1151 IDTkAUNG064300
OH-1004 IDLXL04_018415
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.711 / OH-1004 49.855
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG064300
位置ChrUn:18684206-18686029 (-)
描述Similar to PCMP-H85: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At2g37320 含五十二肽重复的蛋白At2g37320。 暂无已核实直接文献
At3g14330 含五肽重复序列的蛋白质 At3g14330。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018415 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0031426 polycistronic mRNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03880
ath:AT3G13770
ath:AT3G24000
ath:AT3G46790
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.737
排名 1 · TkAUNG064300 · TK1151
质体0.145
排名 2 · TkAUNG064300 · TK1151
细胞核0.038
排名 3 · TkAUNG064300 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkAUNG064300 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkAUNG064300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-20 aa
PF13812PPR_34-20 aa
PF12854PPR_15-15 aa
PF17177PPR_long9-173 aa
PF17049AEP132-89 aa
PF23276TPR_2440-71 aa
PF01535PPR49-75 aa
PF12854PPR_149-70 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG064300PF13041PPR_21203.3e-35120.7
TkAUNG064300PF13812PPR_34202.5e-1866.6
TkAUNG064300PF12854PPR_15152.8e-2278.8
TkAUNG064300PF17177PPR_long91731.4e-0525.3
TkAUNG064300PF17049AEP132892e-0524.5
TkAUNG064300PF23276TPR_2440710.0002421.7
TkAUNG064300PF01535PPR49751.9e-35119.3
TkAUNG064300PF12854PPR_149702.8e-2278.8
TkAUNG064300PF13812PPR_349702.5e-1866.6
TkAUNG064300PF13041PPR_250753.3e-35120.7
TkAUNG064300PF13428TPR_1451710.07314.5
TkAUNG064300PF22330Rib_mS39_PPR63880.2411.9
TkAUNG064300PF13812PPR_3731212.5e-1866.6
TkAUNG064300PF13041PPR_2741203.3e-35120.7
TkAUNG064300PF12854PPR_1751002.8e-2278.8
TkAUNG064300PF01535PPR771061.9e-35119.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial66.400%Swiss-Prot高置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365039.700%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUT4拟南芥sp|Q9ZUT4|PP192_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3732039.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LUL5拟南芥sp|Q9LUL5|PP229_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1433041.100%Swiss-Prot中等置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic39.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看