TkAUNG003970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG003970

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 1216534-1224888 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

871 bp · TkAUNG003970|TK1151|cDNA

TAAATATAAATATAGAAACAGAATATGTGTATGTAGAACCAGAGCACCCGGAGAGATATACAGAGACGAAGAAGAGGAGAGAGATGGGGGAGATAATTACATGGCTACTGTTCTTCTTCATCCACATAGCTCTCCTTGTTGTCGTTGTCTATCAGCTTATGTGCTTAGCGGATTTAGAGTTTGATTACATTAATCCTTATGATTCAGCATCACGGATAAACTTTGTGATATTACCAGAGTTCATAACACAAGGAGTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · TkAUNG003970|TK1151|CDS

ATGTCAGAGAAGCCTCTCCGTAGAAGGATTCCGGTTAACCGGAGAATCAGAACTCCACATCCTTCATCGTCAACTCAGAAACTACTCCGGCGAGTAGCAGTTCGTCGATCGTCGAAGAAGCCGTTGAAATTCATCAACAGATGCAACTCGGAGCCTGCTTTGCTGACCGGCGATCTATTCAATGATGTTCGTGAATCAACGCAGGATCATGGTCACGGCGGACTGATTTCTCAACGTCGGGATTGTGCAGACGTGTTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · TkAUNG003970|TK1151|PROTEIN

MSEKPLRRRIPVNRRIRTPHPSSSTQKLLRRVAVRRSSKKPLKFINRCNSEPALLTGDLFNDVRESTQDHGHGGLISQRRDCADVFLSSPDFVFPYSPPKIQGYNKEAKVVVNVTVEGSPGPIRAMVKLGSSVEETMKIVKNQYNSEGRSPQFDQNSISTFEMHPSHFSLQKPEHPERYTETKKRREMGEIITWLLFFFIHIALLVVVVYQLMCLADLEFDYINPYDSASRINFVILPEFITQGVLCLIYLFTGHWVMFF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG003970`
TK1151 ID	TkAUNG003970
OH-1004 ID	LXL04_026530
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	47.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG003970

位置 ChrUn:1216534-1224888 (-)

描述 Similar to At1g12390: Protein cornichon homolog 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12390`	蛋白cornichon同源物4。	暂无已核实直接文献
`At1g62880`	Cornichon同源蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At1g12340`	可能的蛋白质 cornichon 同源物 2。	暂无已核实直接文献
`At4g12090`	蛋白质 cornichon 同源物 5。	暂无已核实直接文献
`At4g22758`	未表征蛋白At4g22758。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0136500`	可能作为货物受体，介导 HKT1;3 等蛋白从内质网向高尔基体的囊泡运输。	Identification of rice cornichon as a possible cargo receptor for the Golgi-localized sodium transporter OsHKT1;3.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv069

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026530 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005102 signaling receptor binding 分子功能

GO:0038024 cargo receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12340

ath:AT1G12390

ath:AT1G62880

ath:AT4G12090

dosa:Os06g0136500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.467

排名 1 · TkAUNG003970 · TK1151

高尔基体0.213

排名 2 · TkAUNG003970 · TK1151

细胞膜0.202

排名 3 · TkAUNG003970 · TK1151

细胞质0.188

排名 4 · TkAUNG003970 · TK1151

细胞核0.176

排名 5 · TkAUNG003970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23156DUF705426-45 aa

PF23156DUF7054106-184 aa

PF03311Cornichon192-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG003970	`PF23156`	DUF7054	26	45	5.3e-23	81.5
TkAUNG003970	`PF23156`	DUF7054	106	184	5.3e-23	81.5
TkAUNG003970	`PF03311`	Cornichon	192	312	4.6e-44	150.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84W04`	拟南芥	sp\|Q84W04\|CNIH4_ARATH Protein cornichon homolog 4	72.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GWT5`	拟南芥	sp\|Q8GWT5\|CNIH3_ARATH Protein cornichon homolog 3	69.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q3EDD7`	拟南芥	sp\|Q3EDD7\|CNIH2_ARATH Probable protein cornichon homolog 2	73.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZ74`	拟南芥	sp\|Q9SZ74\|CNIH5_ARATH Protein cornichon homolog 5	53.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q56XJ7`	拟南芥	sp\|Q56XJ7\|Y4276_ARATH Uncharacterized protein At4g22758	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DET3`	水稻	sp\|Q0DET3\|CNIH1_ORYSJ Protein cornichon homolog 1	61.200%	Swiss-Prot	低置信

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