TkA08G412680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G412680

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 105033345-105038761 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2529 bp · TkA08G412680|TK1151|cDNA

ATGTCAATTCATGTTTTGGTCACAAAGTTGAAGGAAGAGATGTTTTCTAATACCAAAAATCACCATCTTCACTCATTTGTTTCACCATCTGCGTATGACACTGCTTGGTTAGCAATGATTCCTCATGCATTGGATCACAATAGCCCTTTGTTTAAGGGTTGCCTTGAATGGTTACTCAACAACCAAAACGAAGAAGGATACTGGGGAGAATCCATTAATGGTCTTCCCACCATTGATGCTCTTCCTGCTACTCTTGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2529 bp · TkA08G412680|TK1151|CDS

ATGTCAATTCATGTTTTGGTCACAAAGTTGAAGGAAGAGATGTTTTCTAATACCAAAAATCACCATCTTCACTCATTTGTTTCACCATCTGCGTATGACACTGCTTGGTTAGCAATGATTCCTCATGCATTGGATCACAATAGCCCTTTGTTTAAGGGTTGCCTTGAATGGTTACTCAACAACCAAAACGAAGAAGGATACTGGGGAGAATCCATTAATGGTCTTCCCACCATTGATGCTCTTCCTGCTACTCTTGCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

842 aa · TkA08G412680|TK1151|PROTEIN

MSIHVLVTKLKEEMFSNTKNHHLHSFVSPSAYDTAWLAMIPHALDHNSPLFKGCLEWLLNNQNEEGYWGESINGLPTIDALPATLASMAVLRKWGAGPQNIEKGLKFIHKNIEDILDHHHHHLPRWFFIVFPATIQLAESFGVELMFSDHTKSIISQISHDRQQIFDREEMVDKWQYPPLLAYLETFPLMKERNIDEETIINHLSEDGSLFQSPSATAQAYMSTGNRKCLDYLVSLVQKCPNGAVLEKYPMDEELVELSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G412680`
TK1151 ID	TkA08G412680
OH-1004 ID	LXL04_034609
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.081 / OH-1004 87.351 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G412680

位置 Chr08:105033345-105038761 (+)

描述 Similar to LIS: S-linalool synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61120`	参与同萜生物合成，这些同萜作为草食性捕食者和寄生者的引诱物（例如捕食性螨和寄生蜂）。	Identification and regulation of TPS04/GES, an Arabidopsis geranyllinalool synthase catalyzing the first step in the formation of the insect-induced volatile C16-homoterpene TMTT.2008 · DOI: 10.1105/tpc.106.049478

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000304 response to singlet oxygen 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0016102 diterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0033332 ent-kaurene biosynthetic process 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:AAC49395

ath:AT1G61120

ath:AT1G79460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.649

排名 1 · TkA08G412680 · TK1151

细胞质0.336

排名 2 · TkA08G412680 · TK1151

细胞核0.129

排名 3 · TkA08G412680 · TK1151

过氧化物酶体0.069

排名 4 · TkA08G412680 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA08G412680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13243SQHop_cyclase_C40-74 aa

PF01397Terpene_synth135-165 aa

PF01397Terpene_synth206-406 aa

PF03936Terpene_synth_C477-712 aa

PF19086Terpene_syn_C_2517-712 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G412680	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	40	74	0.033	13.9
TkA08G412680	`PF01397`	Terpene_synth	135	165	3.2e-32	112.5
TkA08G412680	`PF01397`	Terpene_synth	206	406	3.2e-32	112.5
TkA08G412680	`PF03936`	Terpene_synth_C	477	712	1.2e-54	185.9
TkA08G412680	`PF19086`	Terpene_syn_C_2	517	712	1.3e-38	133.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YV0`	拟南芥	sp\|Q93YV0\|GES_ARATH (E,E)-geranyllinalool synthase	45.200%	Swiss-Prot	中等置信

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