TkA08G391820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G391820

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 99868711-99872990 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1565 bp · TkA08G391820|TK1151|cDNA

CTTTATTATATCTCCAGATTCATCAGAAGAAGCCCCCGATTCTCTTGTCTTGCACATAAAGACATCGAATAAGAACATCAAATCCCCGTTGATACACGAAAGCTATAACCTTCTAGGTTTTCCGATCTAGAAAAACAAGATTCTTAAATGGCGTCTGCGGAGGTAGCGATGAAACTAGCGGGTTCAGGCGAGAGAGACGAGAGCTGTTCATCGAGGCCTACAACGGCGAAAGCAGGTGAAGGTCTGAGGCAGTATTACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · TkA08G391820|TK1151|CDS

ATGGCGTCTGCGGAGGTAGCGATGAAACTAGCGGGTTCAGGCGAGAGAGACGAGAGCTGTTCATCGAGGCCTACAACGGCGAAAGCAGGTGAAGGTCTGAGGCAGTATTACTTGCAACATATTCACGATGCGCAACTCCAGGTTCGCCAAAAGACTCATAATCTCAATCGACTTGAGGCTCAGCGTAACGAGCTCAATTCTCGGGTCAGGATGCTTAAGGAAGAGTTGCAGCTACTTCAAGAGCCTGGATCTTATGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

420 aa · TkA08G391820|TK1151|PROTEIN

MASAEVAMKLAGSGERDESCSSRPTTAKAGEGLRQYYLQHIHDAQLQVRQKTHNLNRLEAQRNELNSRVRMLKEELQLLQEPGSYVGEVVKVMGKSKVLVKVHPEGKYVVDIDKSIDITKITPSTRVALRNDSYVLHLVLPSKVDPLVNLMKVEKVPDSTYDMIGGLDQQIKEIKEVIELPIKHPELFESLGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKYIGEGSRMVRELFVMAREHAPSIIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G391820`
TK1151 ID	TkA08G391820
OH-1004 ID	LXL04_018296
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G391820

位置 Chr08:99868711-99872990 (+)

描述 Similar to RPT6A: 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19990`	26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献
`At5g20000`	26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018296 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0090261 positive regulation of inclusion body assembly 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005838 proteasome regulatory particle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G19990

ath:AT5G20000

dme:Dmel_CG1489

msex:115452188

rno:81827

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.575

排名 1 · TkA08G391820 · TK1151

细胞质0.469

排名 2 · TkA08G391820 · TK1151

线粒体0.058

排名 3 · TkA08G391820 · TK1151

细胞膜0.054

排名 4 · TkA08G391820 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA08G391820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28733PII1_coiled_coil37-81 aa

PF13086AAA_1140-79 aa

PF00005ABC_tran46-80 aa

PF02185HR148-81 aa

PF09845OapC56-113 aa

PF16450Prot_ATP_ID_OB_C86-141 aa

PF21236OB_PRS789-141 aa

PF13479AAA_2493-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G391820	`PF28733`	PII1_coiled_coil	37	81	0.18	10.9
TkA08G391820	`PF13086`	AAA_11	40	79	0.044	14.3
TkA08G391820	`PF00005`	ABC_tran	46	80	0.015	16.6
TkA08G391820	`PF02185`	HR1	48	81	0.078	13.7
TkA08G391820	`PF09845`	OapC	56	113	0.052	14.5
TkA08G391820	`PF16450`	Prot_ATP_ID_OB_C	86	141	3.5e-13	49.9
TkA08G391820	`PF21236`	OB_PRS7	89	141	9.3e-05	22.6
TkA08G391820	`PF13479`	AAA_24	93	125	0.016	15.6
TkA08G391820	`PF06745`	ATPase	164	214	0.017	15.2
TkA08G391820	`PF04851`	ResIII	170	219	0.11	13.2
TkA08G391820	`PF13191`	AAA_16	187	220	3.5e-06	28.4
TkA08G391820	`PF00005`	ABC_tran	191	247	0.015	16.6
TkA08G391820	`PF20030`	bpMoxR	191	222	0.1	12.4
TkA08G391820	`PF12775`	AAA_7	193	221	0.041	14.1
TkA08G391820	`PF05673`	DUF815	194	263	0.027	14.3
TkA08G391820	`PF02367`	TsaE	194	236	0.064	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5U3`	拟南芥	sp\|Q9C5U3\|PRS8A_ARATH 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog A	94.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q94BQ2`	拟南芥	sp\|Q94BQ2\|PRS8B_ARATH 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog B	92.800%	Swiss-Prot	高置信

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