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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G273420
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 71197805-71198800 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

996 bp · TkA08G273420|TK1151|cDNA

ATGAAAGAAAAAGATTATGCAAACCATGCACTTCCATATAACGTGATGATGACACTCTACATGAACCTTAAAGAATACGAAAAAGTCGAGGCATGTGTTCAAGAAATGATGCAAAAAGACATAGATTTGGATTTATACTCTTATAGTATTTGGATAACTTCACGTGGGTCTCAAGGAAATGTCAAAAAGATGGAAGAAGTGTTTGAAAGAATGAAACTTGATGTGAATGTAAAACCCAATTGGACTACTTATAGCACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

996 bp · TkA08G273420|TK1151|CDS

ATGAAAGAAAAAGATTATGCAAACCATGCACTTCCATATAACGTGATGATGACACTCTACATGAACCTTAAAGAATACGAAAAAGTCGAGGCATGTGTTCAAGAAATGATGCAAAAAGACATAGATTTGGATTTATACTCTTATAGTATTTGGATAACTTCACGTGGGTCTCAAGGAAATGTCAAAAAGATGGAAGAAGTGTTTGAAAGAATGAAACTTGATGTGAATGTAAAACCCAATTGGACTACTTATAGCACTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

331 aa · TkA08G273420|TK1151|PROTEIN

MKEKDYANHALPYNVMMTLYMNLKEYEKVEACVQEMMQKDIDLDLYSYSIWITSRGSQGNVKKMEEVFERMKLDVNVKPNWTTYSTLSTVYIKLGEIEKAEDCLKKIENKITGRYRIPYHYLLSHYGSIGKKEEVQRIWGTYKTVFPYIPNMGYHAVISSFIRMDEIEEAESLYEEWLLVKTTYDARLGNRLLGWYIRKGYVEKGESFFKEMLENGKANSSSWEIIGEGHIGKKSLSDALSCFEKALLHEESRFWKPKPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G273420
TK1151 IDTkA08G273420
OH-1004 IDLXL04_010564
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)64.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.094 / OH-1004 60.909
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G273420
位置Chr08:71197805-71198800 (+)
描述Similar to At1g02150: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02150 含五重复肽的蛋白 At1g02150。 暂无已核实直接文献
At5g09450 含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。 暂无已核实直接文献
At1g80270 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g80270，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010564 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G60770
ath:AT2G20710
ath:AT4G02820
ath:AT4G21705
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.721
排名 1 · TkA08G273420 · TK1151
细胞核0.105
排名 2 · TkA08G273420 · TK1151
质体0.103
排名 3 · TkA08G273420 · TK1151
细胞质0.055
排名 4 · TkA08G273420 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA08G273420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28771RMD9_mid9-18 aa
PF13812PPR_312-36 aa
PF01535PPR13-41 aa
PF13041PPR_213-53 aa
PF29070MSC6_N14-106 aa
PF17177PPR_long16-111 aa
PF25068ARM_TT21_4th16-45 aa
PF13428TPR_1417-39 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G273420PF28771RMD9_mid9180.02115.3
TkA08G273420PF13812PPR_312366.6e-0936.5
TkA08G273420PF01535PPR13412.9e-2071.7
TkA08G273420PF13041PPR_213531.2e-1764.5
TkA08G273420PF29070MSC6_N141064.5e-1246.5
TkA08G273420PF17177PPR_long161110.00317.7
TkA08G273420PF25068ARM_TT21_4th16450.01916.0
TkA08G273420PF13428TPR_1417390.001519.8
TkA08G273420PF14559TPR_1917380.0116.8
TkA08G273420PF07719TPR_219392.4e-0731.0
TkA08G273420PF00515TPR_119321.8e-0525.1
TkA08G273420PF13181TPR_819320.000321.4
TkA08G273420PF14689SPOB_a19380.001219.2
TkA08G273420PF13812PPR_333916.6e-0936.5
TkA08G273420PF23276TPR_24341430.1712.5
TkA08G273420PF12854PPR_140723.7e-0524.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPS6拟南芥sp|Q8LPS6|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0215042.200%Swiss-Prot中等置信
Q94B59拟南芥sp|Q94B59|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial27.900%Swiss-Prot低置信
Q9C977拟南芥sp|Q9C977|PP135_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial26.900%Swiss-Prot低置信

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